DIGIT Is a Conserved Long Noncoding RNA that Regulates GSC Expression to Control Definitive Endoderm Differentiation of Embryonic Stem Cells.
DIGIT Is a Conserved Long Noncoding RNA that Regulates GSC Expression to Control Definitive Endoderm Differentiation of Embryonic Stem Cells.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2016.09.017
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发表时间：
2016-10-04
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Mullen AC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Daneshvar K;Pondick JV;Kim BM;Zhou C;York SR;Macklin JA;Abualteen A;Tan B;Sigova AA;Marcho C;Tremblay KD;Mager J;Choi MY;Mullen AC
长链非编码rna （lncRNAs）具有多种功能，包括发育调控。本研究将SMAD3占用的全基因组定位与表达分析相结合，以鉴定在人胚胎干细胞（hESCs）内胚层分化过程中由激活素信号诱导的lncRNAs。我们发现DIGIT分化为Goosecoid (GSC)，并在内胚层分化过程中表达。在DIGIT近端缺失smad3占据的增强子会抑制DIGIT和GSC的表达以及最终的内胚层分化。编码DIGIT基因的破坏和DIGIT转录物的缺失表明DIGIT是最终内胚层分化所必需的。此外，我们鉴定了DIGIT的小鼠同源基因，并表明它在发育过程中表达，并促进小鼠ESCs的最终内胚层分化。DIGIT通过反式调节GSC，激活内源性GSC表达足以挽救缺乏DIGIT的hESCs的最终内胚层分化。我们的研究将DIGIT定义为确定内胚层的一个保守的非编码发育调节因子。
Long noncoding RNAs (lncRNAs) exhibit diverse functions, including regulation of development. Here we combine genome-wide mapping of SMAD3 occupancy with expression analysis to identify lncRNAs induced by activin signaling during endoderm differentiation of human embryonic stem cells (hESCs). We find that DIGIT is divergent to Goosecoid (GSC) and expressed during endoderm differentiation. Deletion of the SMAD3-occupied enhancer proximal to DIGIT inhibits DIGIT and GSC expression and definitive endoderm differentiation. Disruption of the gene encoding DIGIT and depletion of the DIGIT transcript reveal that DIGIT is required for definitive endoderm differentiation. In addition, we identify the mouse ortholog of DIGIT and show that it is expressed during development and promotes definitive endoderm differentiation of mouse ESCs. DIGIT regulates GSC in trans, and activation of endogenous GSC expression is sufficient to rescue definitive endoderm differentiation in DIGIT-deficient hESCs. Our study defines DIGIT as a conserved noncoding developmental regulator of definitive endoderm.
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影响因子：
10.5
作者：
Arnes L;Akerman I;Balderes DA;Ferrer J;Sussel L
通讯作者：
Sussel L
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
5.9
作者：
Jiang, Wei;Zhang, Donghui;Bursac, Nenad;Zhang, Yi
通讯作者：
Zhang, Yi
影响因子：
8.8
作者：
Jiang W;Liu Y;Liu R;Zhang K;Zhang Y
通讯作者：
Zhang Y
影响因子：
16
作者：
Duttke SHC;Lacadie SA;Ibrahim MM;Glass CK;Corcoran DL;Benner C;Heinz S;Kadonaga JT;Ohler U
通讯作者：
Ohler U