Detailed analysis of function divergence in a large and diverse domain superfamily: toward a refined protocol of function classification.
Detailed analysis of function divergence in a large and diverse domain superfamily: toward a refined protocol of function classification.
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DOI：
10.1016/j.str.2010.08.017
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发表时间：
2010-11-10
期刊：
影响因子：
5.7
通讯作者：
Orengo, Christine A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dessailly, Benoit H.;Redfern, Oliver C.;Cuff, Alison L.;Orengo, Christine A.
一些超家族含有大量具有不同功能的蛋白质结构域。为了更好地理解功能的进化和指导新亲属的功能预测，有能力完善这些超家族中结构域的功能分类是必要的。要实现这一点，一个合适的起点是详细分析单个超家族的功能划分和功能分化的机制。在这里，我们在HUP结构域的超家族中给出这样一个详细的分析。手动获得具有生物学意义的HUP结构域的功能分类。利用这一分类，对功能多样化的机制进行了详细的研究。我们观察到结构基序在形成广泛的功能差异方面发挥了重要作用，而残基水平的变化在更具体的水平上塑造了多样性。同时，我们检查了自动协议捕获具有生物学意义的分类的能力，以期在未来自动扩展这种分类。
Some superfamilies contain large numbers of protein domains with very different functions. The ability to refine the functional classification of domains within these superfamilies is necessary for better understanding the evolution of functions and to guide function prediction of new relatives. To achieve this, a suitable starting point is the detailed analysis of functional divisions and mechanisms of functional divergence in a single superfamily. Here we present such a detailed analysis in the superfamily of HUP domains. A biologically meaningful functional classification of HUP domains is obtained manually. Mechanisms of function diversification are investigated in detail using this classification. We observe that structural motifs play an important role in shaping broad functional divergence, whereas residue-level changes shape diversity at a more specific level. In parallel, we examine the ability of an automated protocol to capture the biologically meaningful classification, with a view to automatically extending this classification in the future.
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影响因子：
6.8
作者：
Dessailly, Benoit H.;Redfern, Oliver C.;Cuff, Alison;Orengo, Christine A.
通讯作者：
Orengo, Christine A.
影响因子：
14.9
作者：
Kanehisa M;Araki M;Goto S;Hattori M;Hirakawa M;Itoh M;Katayama T;Kawashima S;Okuda S;Tokimatsu T;Yamanishi Y
通讯作者：
Yamanishi Y
影响因子：
14.9
作者：
UniProt Consortium
通讯作者：
UniProt Consortium
DOI：
10.1093/bioinformatics/btn214
发表时间：
2008-07-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Capra JA;Singh M
通讯作者：
Singh M
影响因子：
5.6
作者：
Addou, Sarah;Rentzsch, Robert;Orengo, Christine A.
通讯作者：
Orengo, Christine A.