HTQC: a fast quality control toolkit for Illumina sequencing data.
HTQC: a fast quality control toolkit for Illumina sequencing data.
复制标题
DOI：
10.1186/1471-2105-14-33
复制
发表时间：
2013-01-31
影响因子：
3
通讯作者：
Zhu B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yang X;Liu D;Liu F;Wu J;Zou J;Xiao X;Zhao F;Zhu B
Illumina测序平台广泛应用于基因组研究。下游分析需要对序列读数进行质量评估和控制。然而，提供有效质量评估和通用过滤方法的软件仍然缺乏。我们开发了一个用于序列阅读质量控制的工具HTQC，它由阅读质量评估、阅读过滤和图形报告生成六个程序组成。HTQC工具包可以比现有工具更快地生成读取质量评估，为允许用户选择不同策略删除低质量读取的读取过滤实用程序提供指导。
Illumina sequencing platform is widely used in genome research. Sequence reads quality assessment and control are needed for downstream analysis. However, software that provides efficient quality assessment and versatile filtration methods is still lacking. We have developed a toolkit named HTQC – abbreviation of High-Throughput Quality Control – for sequence reads quality control, which consists of six programs for reads quality assessment, reads filtration and generation of graphic reports. The HTQC toolkit can generate reads quality assessment faster than existing tools, providing guidance for reads filtration utilities that allow users to choose different strategies to remove low quality reads.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Cock PJ;Fields CJ;Goto N;Heuer ML;Rice PM
通讯作者：
Rice PM
影响因子：
3
作者：
Cox MP;Peterson DA;Biggs PJ
通讯作者：
Biggs PJ
DOI：
10.1016/s1672-0229(11)60027-2
发表时间：
2011-12
期刊：
Genomics, proteomics & bioinformatics
影响因子：
--
作者：
Zhang T;Luo Y;Liu K;Pan L;Zhang B;Yu J;Hu S
通讯作者：
Hu S
从高通量DNA测序中的超短偏差读取数据集中的实质性偏见。
影响因子：
14.9
作者：
Dohm, Juliane C.;Lottaz, Claudio;Borodina, Tatiana;Himmelbauer, Heinz
通讯作者：
Himmelbauer, Heinz
影响因子：
5.8
作者：
Martinez-Alcantara, A.;Ballesteros, E.;Fofanov, Y.
通讯作者：
Fofanov, Y.