vHOG, a multispecies vertebrate ontology of homologous organs groups.
vHOG, a multispecies vertebrate ontology of homologous organs groups.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bts048
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发表时间：
2012-04-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Robinson-Rechavi M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Niknejad A;Comte A;Parmentier G;Roux J;Bastian FB;Robinson-Rechavi M
动机：大多数解剖本体都是物种特异性的，而需要一个比较研究的框架。我们描述了脊椎动物同源器官组本体，vHOG，用于比较物种之间的表达模式。结果：vHOG是脊椎动物谱系的多物种解剖本体。它基于基因表达进化的Bgee数据库中使用的HOG。vHOG 1.4版包括1184个术语，遵循OBO原则，并基于通用解剖参考本体（CARO）。vHOG仅描述了模式脊椎动物物种之间具有历史同源关系的结构。物种特异性解剖学本体的映射作为单独的文件提供，因此本体本身中没有同源性假设。每个映射都经过手动审查，我们提供支持代码和参考。可用性和实施：vHOG可从Bgee下载网站（http：//bgee.unil.ch/）以及OBO Foundry和NCBO Bioportal网站获得。联系人：bgee@isb-sib.ch; frederic. unil.ch
Motivation: Most anatomical ontologies are species-specific, whereas a framework for comparative studies is needed. We describe the vertebrate Homologous Organs Groups ontology, vHOG, used to compare expression patterns between species. Results: vHOG is a multispecies anatomical ontology for the vertebrate lineage. It is based on the HOGs used in the Bgee database of gene expression evolution. vHOG version 1.4 includes 1184 terms, follows OBO principles and is based on the Common Anatomy Reference Ontology (CARO). vHOG only describes structures with historical homology relations between model vertebrate species. The mapping to species-specific anatomical ontologies is provided as a separate file, so that no homology hypothesis is stated within the ontology itself. Each mapping has been manually reviewed, and we provide support codes and references when available. Availability and implementation: vHOG is available from the Bgee download site (http://bgee.unil.ch/), as well as from the OBO Foundry and the NCBO Bioportal websites. Contact: bgee@isb-sib.ch; frederic.bastian@unil.ch
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影响因子：
46.9
作者：
Smith, Barry;Ashburner, Michael;Lewis, Suzanna
通讯作者：
Lewis, Suzanna
影响因子：
14.9
作者：
Noy NF;Shah NH;Whetzel PL;Dai B;Dorf M;Griffith N;Jonquet C;Rubin DL;Storey MA;Chute CG;Musen MA
通讯作者：
Musen MA
影响因子：
14.9
作者：
Bradford Y;Conlin T;Dunn N;Fashena D;Frazer K;Howe DG;Knight J;Mani P;Martin R;Moxon SA;Paddock H;Pich C;Ramachandran S;Ruef BJ;Ruzicka L;Bauer Schaper H;Schaper K;Shao X;Singer A;Sprague J;Sprunger B;Van Slyke C;Westerfield M
通讯作者：
Westerfield M
DOI：
10.1073/pnas.0910200107
发表时间：
2010-04-06
影响因子：
11.1
作者：
McGary, Kriston L.;Park, Tae Joo;Marcotte, Edward M.
通讯作者：
Marcotte, Edward M.
影响因子：
9.5
作者：
Huerta-Cepas, Jaime;Dopazo, Joaquin;Gabaldon, Toni
通讯作者：
Gabaldon, Toni