A compilation of fecal microbiome shotgun metagenomics from hematopoietic cell transplantation patients.
A compilation of fecal microbiome shotgun metagenomics from hematopoietic cell transplantation patients.
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DOI：
10.1038/s41597-022-01302-9
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发表时间：
2022-05-18
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Xavier, Joao B.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yan, Jinyuan;Liao, Chen;Taylor, Bradford P.;Fontana, Emily;Amoretti, Luigi A.;Wright, Roberta J.;Littmann, Eric R.;Dai, Anqi;Waters, Nicholas;Peled, Jonathan U.;Taur, Ying;Perales, Miguel-Angel;Siranosian, Benjamin A.;Bhatt, Ami S.;van den Brink, Marcel R. M.;Pamer, Eric G.;Schluter, Jonas;Xavier, Joao B.
接受造血细胞移植的住院患者提供了研究人类肠道微生物组的独特机会。我们之前编制了一个大规模的粪便微生物群和相关元数据的纵向数据集，但我们将该分析限制在来自16S rRNA基因测序的细菌分类组成上。在这里，我们用鸟枪宏基因组学来增加这些数据。该汇编相当于从纪念斯隆凯特琳的不同研究中汇编的395个样本的嵌套子集。霰弹枪宏基因组学在功能水平上描述了微生物组，特别是在抗菌素耐药性和毒力因子方面。我们提供了登录号，将每个样品与存放在公共存储库中的双端测序文件联系起来，PATRIC的在线服务可以直接访问这些文件进行分析，而无需用户下载或传输文件。然后，我们展示了鸟枪测序如何使宏基因组数据的基因组组装。新数据与先前发表的元数据相结合，使接受骨髓移植的癌症患者的微生物组的新功能研究成为可能。
Hospitalized patients receiving hematopoietic cell transplants provide a unique opportunity to study the human gut microbiome. We previously compiled a large-scale longitudinal dataset of fecal microbiota and associated metadata, but we had limited that analysis to taxonomic composition of bacteria from 16S rRNA gene sequencing. Here we augment those data with shotgun metagenomics. The compilation amounts to a nested subset of 395 samples compiled from different studies at Memorial Sloan Kettering. Shotgun metagenomics describes the microbiome at the functional level, particularly in antimicrobial resistances and virulence factors. We provide accession numbers that link each sample to the paired-end sequencing files deposited in a public repository, which can be directly accessed by the online services of PATRIC to be analyzed without the users having to download or transfer the files. Then, we show how shotgun sequencing enables the assembly of genomes from metagenomic data. The new data, combined with the metadata published previously, enables new functional studies of the microbiomes of patients with cancer receiving bone marrow transplantation.
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