Individuality and convergence of the infant gut microbiota during the first year of life.
Individuality and convergence of the infant gut microbiota during the first year of life.
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DOI：
10.1038/s41467-018-04641-7
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发表时间：
2018-06-08
影响因子：
16.6
通讯作者：
Trosvik P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
de Muinck EJ;Trosvik P
人类肠道微生物群在健康和疾病中发挥着至关重要的作用，微生物定植是婴儿发育的关键过程。在这里，我们分析了 12 名婴儿出生第一年的 2684 份粪便样本，为人类肠道定植过程提供了详细的见解。肠道微生物群落的成熟表现出强大的时间结构和特定的发育阶段。在 2-4 个月大时，有一个加速收敛期，同时双歧杆菌大量繁殖，双歧杆菌是与母乳中发现的寡糖代谢相关的属。这一时期的结束恰逢固体食物的引入、双歧杆菌相对丰度的减少以及几类厚壁菌门的增加。我们的研究结果强调了肠道定植过程的动态性质和个体性，以及在设计和解释婴儿微生物组研究时需要在较长时间内进行高频采样。肠道微生物定植是婴儿发育的关键过程。在这里，de Muinck 和 Trosvik 分析了从 12 名婴儿出生第一年采集的 2,684 份粪便样本，为人类肠道定植过程提供了详细的见解。
The human gut microbiota plays a vital role in health and disease, and microbial colonization is a key process in infant development. Here, we analyze 2684 fecal specimens from 12 infants during their first year of life, providing detailed insights into the human gut colonization process. Maturation of the gut microbial community shows strong temporal structure and specific developmental stages. At 2–4 months of age, there is a period of accelerated convergence concurrent with a bloom of Bifidobacterium, a genus associated with metabolism of oligosaccharides found in breast milk. The end of this period coincides with the introduction of solid food, a reduction in the relative abundance of Bifidobacterium, and an increase in several groups of Firmicutes. Our findings highlight the dynamic nature and individuality of the gut colonization process, and the need for high-frequency sampling over an extended period when designing and interpreting infant microbiome studies. Microbial colonization of the gut is a key process in infant development. Here, de Muinck and Trosvik analyze 2,684 fecal specimens sampled from 12 infants during their first year of life, providing detailed insights into the human gut colonization process.
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使用通用的unifrac距离将微生物组组成与环境协变量相关联。
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts342
发表时间：
2012-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Chen J;Bittinger K;Charlson ES;Hoffmann C;Lewis J;Wu GD;Collman RG;Bushman FD;Li H
通讯作者：
Li H
影响因子：
15.5
作者：
de Muinck EJ;Trosvik P;Gilfillan GD;Hov JR;Sundaram AYM
通讯作者：
Sundaram AYM
影响因子：
30.3
作者：
Backhed, Fredrik;Roswall, Josefine;Jun, Wang
通讯作者：
Jun, Wang
影响因子：
30.3
作者：
Gevers D;Kugathasan S;Denson LA;Vázquez-Baeza Y;Van Treuren W;Ren B;Schwager E;Knights D;Song SJ;Yassour M;Morgan XC;Kostic AD;Luo C;González A;McDonald D;Haberman Y;Walters T;Baker S;Rosh J;Stephens M;Heyman M;Markowitz J;Baldassano R;Griffiths A;Sylvester F;Mack D;Kim S;Crandall W;Hyams J;Huttenhower C;Knight R;Xavier RJ
通讯作者：
Xavier RJ
影响因子：
56.9
作者：
Ley, Ruth E.;Hamady, Micah;Gordon, Jeffrey I.
通讯作者：
Gordon, Jeffrey I.