Metagenomic analysis of the cow, sheep, reindeer and red deer rumen.
Metagenomic analysis of the cow, sheep, reindeer and red deer rumen.
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DOI：
10.1038/s41598-021-81668-9
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发表时间：
2021-01-21
影响因子：
4.6
通讯作者：
Watson M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Glendinning L;Genç B;Wallace RJ;Watson M
瘤胃微生物群由微生物群落组成，这些微生物专门降解植物性饲料中的复杂碳水化合物。这些微生物在反刍动物的营养中起着非常重要的作用，也可以作为工业有用的酶的来源。在本研究中，我们对牛(Bos Taurus)、绵羊(Ovis Aries)、驯鹿(Rangifer Tarandus)和马鹿(Cervus Elaffus)的瘤胃内容物样本进行了元基因组分析。我们构建了来自16个微生物门的391个超基因组组装基因组。我们将我们的基因组与其他可公开获得的微生物基因组进行比较，发现它们包含279个新物种。我们还发现，不同反刍动物的微生物区系在微生物分类、碳水化合物活性酶基因和KEGG同源基因的丰度方面存在显著差异。我们提供了一个瘤胃基因组的数据集，它与其他公开可用的瘤胃基因组相结合，可以作为未来元基因组研究的参考数据集。
The rumen microbiota comprises a community of microorganisms which specialise in the degradation of complex carbohydrates from plant-based feed. These microbes play a highly important role in ruminant nutrition and could also act as sources of industrially useful enzymes. In this study, we performed a metagenomic analysis of samples taken from the ruminal contents of cow (Bos Taurus), sheep (Ovis aries), reindeer (Rangifer tarandus) and red deer (Cervus elaphus). We constructed 391 metagenome-assembled genomes originating from 16 microbial phyla. We compared our genomes to other publically available microbial genomes and found that they contained 279 novel species. We also found significant differences between the microbiota of different ruminant species in terms of the abundance of microbial taxonomies, carbohydrate-active enzyme genes and KEGG orthologs. We present a dataset of rumen-derived genomes which in combination with other publicly-available rumen genomes can be used as a reference dataset in future metagenomic studies.
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影响因子：
14.9
作者：
Kanehisa M;Furumichi M;Sato Y;Ishiguro-Watanabe M;Tanabe M
通讯作者：
Tanabe M
影响因子：
5.2
作者：
Huws SA;Creevey CJ;Oyama LB;Mizrahi I;Denman SE;Popova M;Muñoz-Tamayo R;Forano E;Waters SM;Hess M;Tapio I;Smidt H;Krizsan SJ;Yáñez-Ruiz DR;Belanche A;Guan L;Gruninger RJ;McAllister TA;Newbold CJ;Roehe R;Dewhurst RJ;Snelling TJ;Watson M;Suen G;Hart EH;Kingston-Smith AH;Scollan ND;do Prado RM;Pilau EJ;Mantovani HC;Attwood GT;Edwards JE;McEwan NR;Morrisson S;Mayorga OL;Elliott C;Morgavi DP
通讯作者：
Morgavi DP
DOI：
10.1098/rstb.2019.0604
发表时间：
2020-09-28
影响因子：
6.3
作者：
Koskella, Britt;Bergelson, Joy
通讯作者：
Bergelson, Joy
影响因子：
5.2
作者：
Auffret MD;Stewart R;Dewhurst RJ;Duthie CA;Rooke JA;Wallace RJ;Freeman TC;Snelling TJ;Watson M;Roehe R
通讯作者：
Roehe R
影响因子：
2.7
作者：
Kang DD;Froula J;Egan R;Wang Z
通讯作者：
Wang Z