Microevolutionary changes and chromosomal translocations are more frequent at RPS loci in Candida dubliniensis than in Candida albicans.
Microevolutionary changes and chromosomal translocations are more frequent at RPS loci in Candida dubliniensis than in Candida albicans.
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都柏林念珠菌 RPS 位点的微进化变化和染色体易位比白色念珠菌更常见。
DOI：
10.1016/s1567-1348(02)00058-8
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发表时间：
2002
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Soll,DavidR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Joly,Sophie;Pujol,Claude;Soll,DavidR
都柏林念珠菌的 Cd1 指纹探针在识别感染群体的微进化变化方面非常有效，产生的杂交模式与白色念珠菌指纹探针 Ca3 产生的杂交模式相似。由于 Ca3 通过重复序列 RPS 识别微进化变化，因此表明 Cd1 也包含类似 RPS 的元件。为了测试这种可能性，使用白色念珠菌 RPS 单位作为探针，并从都柏林念珠菌中克隆了 RPS 样元件 RPSd1。 RPSd1 的序列与白色念珠菌 RPS 单位 RPS620 的序列有 76% 同源性，并且组织（包括非 RPS 3' 和 5' 边界序列）高度相似。该分析揭示了 RPSd1 和 RPS620 中先前未在 RPS620 中发现的重复额外元件和短附加重复 (SAR) 序列的额外副本。该分析使我们能够开发 RPSd1 组织的模型并修改 RPS620 组织的模型。对都柏林念珠菌中每个 RPS 单位的平均重组频率（重复和缺失）的估计与白色念珠菌相似，但对每个都柏林念珠菌基因组的重组频率的估计较高，很可能是因为都柏林念珠菌中 RPS 簇的估计平均数量较高。这些结果表明，Cd1 指纹探针识别的微进化变化是基于 RPS 样元件的重组，因此与白色念珠菌 Ca3 探针识别的微进化变化相似。对位于 7 号染色体 RPS 簇两侧的标记对的连锁分析进一步揭示，在都柏林念珠菌菌株中，RPS 簇上的非同源染色体之间存在频繁的重组，但在白色念珠菌菌株中则不然，这表明 RPS 簇可能作为都柏林念珠菌中的重组热点。
The Cd1 fingerprinting probe of Candida dubliniensis, which is extremely effective in identifying microevolutionary changes in infecting populations, generates hybridization patterns that are similar to those generated by the Candida albicans fingerprinting probe Ca3. Since Ca3 recognizes microevolutionary changes through the repeat sequence RPS, it was suggested that Cd1 also contains a RPS-like element. To test this possibility, the C. albicans RPS unit was used as a probe, and an RPS-like element, RPSd1, was cloned from C. dubliniensis. The sequence of RPSd1 was 76% homologous to that of the C. albicans RPS unit RPS620 and the organization, including the non-RPS 3′ and 5′ bordering sequences, was highly similar. This analysis revealed additional copies of the repeat extraalt element and short additional repeat (SAR) sequences in both RPSd1 and RPS620 not previously identified in the latter. This analysis has allowed us to develop a model of RPSd1 organization and to revise the model for RPS620 organization. An estimate of the average frequency of reorganization (duplication and deletion) per RPS unit in C. dubliniensis was similar to that for C. albicans, but the estimate of frequency of reorganization per C. dubliniensis genome was higher, most probably as a result of the higher estimated average number of RPS clusters in C. dubliniensis. These results demonstrate that the microevolutionary changes identified by the Cd1 fingerprinting probe are based on the reorganization of RPS-like elements and are, therefore, similar to the microevolutionary changes identified by the Ca3 probe of C. albicans. Linkage analysis of pairs of markers situated on either side of an RPS cluster on chromosome 7 further revealed frequent recombination between non-homologous chromosomes at the RPS cluster in C. dubliniensis strains, but not in C. albicans strains, suggesting that RPS clusters may function as recombination hot spots in C. dubliniensis.
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