Identification of robust hypoxia biomarker candidates from fin of medaka (Oryzias latipes).
Identification of robust hypoxia biomarker candidates from fin of medaka (Oryzias latipes).
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DOI：
10.1016/j.cbpc.2011.05.015
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发表时间：
2012-01
影响因子：
3.9
通讯作者：
Booth, Rachell E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang, Ziping;Wells, Melissa C.;Boswell, Mikki G.;Beldorth, Ion;Kirk, Lyndsey M.;Wang, Yilei;Wang, Shulong;Savage, Markita;Walter, Ronald B.;Booth, Rachell E.
由有机污染和富营养化引起的水体缺氧是世界性的水污染问题。需要更好的方法来监测氧气水平，以帮助维持和保护自然水生环境的健康。在这个项目中，我们使用了日本稻鱼（青鳉，青鳉）8 K寡核苷酸阵列作为平台，以确定潜在的缺氧生物标志物在不同的器官（鳍，鳃，肝脏和大脑）暴露于缺氧。通过采用候选生物标志物的子集的qRT-PCR验证微阵列结果。有趣的是，在缺氧暴露的鳍组织中检测到最大数量和最显著的缺氧响应阵列特征。我们确定了173个阵列特征，这些特征在暴露于低氧条件下时表现出显著的响应（表达变化超过2倍），并通过定量RT-PCR验证了其中的一个子集。这些基因靶进行注释和基因本体挖掘。积极可识别的基因靶点，可能是有用的发展一个快速和准确的生物标志物测试使用鳍夹进行了讨论，与以前的报告缺氧反应基因。
Aquatic hypoxia caused by organic pollution and eutrophication is a pressing worldwide water pollution problem. Better methods for monitoring oxygen levels are needed to assist efforts to maintain and protect the health of natural aquatic environments. In this project, we used a Japanese ricefish (medaka, Oryzias latipes) 8K oligonucleotide array as a platform to identify potential hypoxic biomarkers in different organs (fin, gill, liver and brain) upon exposure to hypoxia. The microarray results were validated by qRT-PCR employing a subset of candidate biomarkers. Interestingly, the largest number and most significant of hypoxia responding array features were detected in hypoxia exposed fin tissues. We identified 173 array features that exhibited a significant response (over 2 fold change in expression) upon exposure to hypoxic conditions and validated a subset of these by quantitative RT-PCR. These gene targets were subjected to annotation and gene ontology mining. Positively identifiable gene targets that may be useful for development of a rapid and accurate biomarker test using fin clips are discussed in relation to previous reports on hypoxia responsive genes.
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DOI：
10.1016/j.cbpc.2008.11.005
发表时间：
2009-03-01
影响因子：
3.9
作者：
Boswell, Mikki G.;Wells, Melissa C.;Walter, Ronald B.
通讯作者：
Walter, Ronald B.
影响因子：
2.7
作者：
Maruyama, K;Yasumasu, S;Iuchi, I
通讯作者：
Iuchi, I
影响因子：
3.4
作者：
Fuchshofer, Rudolf;Yu, Alice L.;Welge-Lussen, Ulrich
通讯作者：
Welge-Lussen, Ulrich
DOI：
10.1016/j.cbpc.2006.04.017
发表时间：
2007-02-01
影响因子：
3.9
作者：
Ju, Zhenlin;Wells, Melissa C.;Walter, Ronald B.
通讯作者：
Walter, Ronald B.
DOI：
10.1016/j.cbd.2009.03.004
发表时间：
2009-09-01
影响因子：
3
作者：
Li, Tiandao;Brouwer, Marius
通讯作者：
Brouwer, Marius