G4LDB: a database for discovering and studying G-quadruplex ligands.
G4LDB: a database for discovering and studying G-quadruplex ligands.
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G4LDB：用于发现和研究 G-四联体配体的数据库
DOI：
10.1093/nar/gks1101
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发表时间：
2013-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Tang YL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li Q;Xiang JF;Yang QF;Sun HX;Guan AJ;Tang YL
G-四链配体数据库(G4LDB，http://www.g4ldb.org))提供了已报道的G-四链配体的独特集合，以简化针对G-四链的配体/药物发现。G-四链体是人类端粒和基因启动子区域富含鸟嘌呤的核酸序列。人们越来越认识到它们在癌症、糖尿病和心血管疾病等一系列疾病中的深刻作用。影响G-四链体结构和活性的配体可以为寻找G-四链体靶向药物提供线索。因此，我们建立了G4LDB，以(I)编制涵盖G-四链配体的各种物理性质和3D结构的数据集；(Ii)为G-四链配体的设计提供基于Web的工具；以及(Iii)促进针对G-四链的新型治疗和诊断药物的发现。G4LDB目前包含>；800 G-四链配体和∼4000活性记录，据我们所知，这是此类集合中最广泛的。它提供了一个用户友好的界面，可以满足研究人员的各种数据查询。例如，可以通过名称、分子性质、结构、配体活性等来搜索配体。在报告数据的基础上，该数据库还提供了一个在线配体设计模块，可以实时预测配体结合亲和力。
The G-quadruplex ligands database (G4LDB, http://www.g4ldb.org) provides a unique collection of reported G-quadruplex ligands to streamline ligand/drug discovery targeting G-quadruplexes. G-quadruplexes are guanine-rich nucleic acid sequences in human telomeres and gene promoter regions. There is a growing recognition for their profound roles in a wide spectrum of diseases, such as cancer, diabetes and cardiovascular disease. Ligands that affect the structure and activity of G-quadruplexes can shed light on the search for G-quadruplex-targeting drugs. Therefore, we built the G4LDB to (i) compile a data set covering various physical properties and 3D structure of G-quadruplex ligands; (ii) provide Web-based tools for G-quadruplex ligand design; and (iii) to facilitate the discovery of novel therapeutic and diagnostic agents targeting G-quadruplexes. G4LDB currently contains >800 G-quadruplex ligands with ∼4000 activity records, which, to our knowledge, is the most extensive collection of its kind. It offers a user friendly interface that can meet a variety of data inquiries from researchers. For example, ligands can be searched for by name, molecular properties, structures, ligand activities and so on. Building on the reported data, the database also provides an online ligand design module that can predict ligand binding affinity in real time.
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