Sequencing Larger Intact Proteins (30-70 kDa) with Activated Ion Electron Transfer Dissociation.
Sequencing Larger Intact Proteins (30-70 kDa) with Activated Ion Electron Transfer Dissociation.
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通过激活的离子电子转移解离，对较大的完整蛋白（30-70 kDa）进行测序。
DOI：
10.1007/s13361-017-1808-7
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发表时间：
2018-01
影响因子：
3.2
通讯作者：
Coon JJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Riley NM;Westphall MS;Coon JJ
通过质谱分析完整蛋白质可以为蛋白质组表征提供几个好处，尽管大多数自上而下的实验集中在相对低质量范围（<30 kDa）的蛋白质形式。最近的研究集中在改进较大完整蛋白质（高达~75 kDa）的分析，但它们也强调了需要解决的几个挑战。一个主要障碍是较大蛋白质离子的有效解离，通过传统的串联MS方法通常不会产生广泛的碎片化。在这里，我们描述了激活离子电子转移解离（AI-ETD）的蛋白质在30-70 kDa的范围内的第一个应用程序。AI-ETD利用与ETD反应同时进行的红外光活化来改善序列信息产物离子的产生。这种方法产生更多的产品离子和更大的序列覆盖比传统的ETD，高能碰撞解离（HCD），ETD结合补充HCD激活（EThcD）。重要的是，AI-ETD为本研究中研究的每种前体离子电荷状态提供了最彻底的蛋白质表征，使其适合作为自上而下实验中的通用片段化方法。此外，我们强调了几种采集策略，这些策略可以有利于用AI-ETD表征较大的蛋白质，包括组合来自给定前体离子的多个ETD反应时间的光谱，同一前体离子的多个光谱采集，以及组合来自两种不同解离方法的光谱（例如，AI-ETD和HCD）。总之，随着自上而下的蛋白质组学继续推进到更大的质量范围，AI-ETD作为解离更大的完整蛋白质离子的方法显示出很大的前景。
The analysis of intact proteins via mass spectrometry can offer several benefits to proteome characterization, although the majority of top-down experiments focus on proteoforms in a relatively low mass range (<30 kDa). Recent studies have focused on improving the analysis of larger intact proteins (up to ~75 kDa), but they have also highlighted several challenges to be addressed. One major hurdle is the efficient dissociation of larger protein ions, which often to do not yield extensive fragmentation via conventional tandem MS methods. Here we describe the first application of activated ion electron transfer dissociation (AI-ETD) to proteins in the 30–70 kDa range. AI-ETD leverages infrared photo-activation concurrent to ETD reactions to improve sequence-informative product ion generation. This method generates more product ions and greater sequence coverage than conventional ETD, higher-energy collisional dissociation (HCD), and ETD combined with supplemental HCD activation (EThcD). Importantly, AI-ETD provides the most thorough protein characterization for every precursor ion charge state investigated in this study, making it suitable as a universal fragmentation method in top-down experiments. Additionally, we highlight several acquisition strategies that can benefit characterization of larger proteins with AI-ETD, including combination of spectra from multiple ETD reaction times for a given precursor ion, multiple spectral acquisitions of the same precursor ion, and combination of spectra from two different dissociation methods (e.g., AI-ETD and HCD). In all, AI-ETD shows great promise as a method for dissociating larger intact protein ions as top-down proteomics continues to advance into larger mass ranges.
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DOI：
10.1016/j.bbrc.2014.02.041
发表时间：
2014-03-21
影响因子：
3.1
作者：
Catherman, Adam D.;Skinner, Owen S.;Kelleher, Neil L.
通讯作者：
Kelleher, Neil L.
影响因子：
7.4
作者：
Brodbelt JS
通讯作者：
Brodbelt JS
影响因子：
7.4
作者：
Frese, Christian K.;Altelaar, A. F. Maarten;Mohammed, Shabaz
通讯作者：
Mohammed, Shabaz
影响因子：
15
作者：
Breuker, K;Oh, HB;McLafferty, FW
通讯作者：
McLafferty, FW
影响因子：
7
作者：
Anderson, Lissa C.;Karch, Kelly R.;Hunt, Donald F.
通讯作者：
Hunt, Donald F.