RCPedia: a database of retrocopied genes.
RCPedia: a database of retrocopied genes.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btt104
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发表时间：
2013-05-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Galante PA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Navarro FC;Galante PA
动机：逆转录是成熟RNA的拷贝，通常缺乏调控序列和内含子。它们通常被归类为经过加工的假基因，几乎没有或没有生物学相关性。然而，最近的研究结果揭示了逆转录病毒的功能作用，以及它们在某些生物体中的高频率，如灵长类动物。尽管追溯副本的重要性日益增加，但没有方便用户和公开可用的资源来研究追溯副本。 结果：在这里，我们提出了RCPedia，一个综合的和用户友好的数据库，设计用于研究的逆转录基因。RCPedia包含已知存在于人类和其他五种灵长类动物基因组中的逆转录病毒的完整目录，它们的基因组背景，物种间保护和基因表达数据。RCPedia还提供了一个精简的数据表示和一个高效的查询系统。可用性和实施：RCPedia可在http://www.bioinfo.mochsl.org.br/rcpedia上获得。联系方式：pgalante@mochsl.org.br补充信息：补充数据可在生物信息学在线获得。
Motivation: Retrocopies are copies of mature RNAs that are usually devoid of regulatory sequences and introns. They have routinely been classified as processed pseudo-genes with little or no biological relevance. However, recent findings have revealed functional roles for retrocopies, as well as their high frequency in some organisms, such as primates. Despite their increasing importance, there is no user-friendly and publicly available resource for the study of retrocopies. Results: Here, we present RCPedia, an integrative and user-friendly database designed for the study of retrocopied genes. RCPedia contains a complete catalogue of the retrocopies that are known to be present in human and five other primate genomes, their genomic context, inter-species conservation and gene expression data. RCPedia also offers a streamlined data representation and an efficient query system. Availability and implementation: RCPedia is available at http://www.bioinfo.mochsl.org.br/rcpedia. Contact: pgalante@mochsl.org.br Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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DOI：
10.1038/nrg2487
发表时间：
2009-01
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
9.8
作者：
Marques, Ana Claudia;Dupanloup, Isabelle;Vinckenbosch, Nicolas;Reymond, Alexandre;Kaessmann, Henrik
通讯作者：
Kaessmann, Henrik
影响因子：
3
作者：
Ortutay, Csaba;Vihinen, Mauno
通讯作者：
Vihinen, Mauno
影响因子：
14.9
作者：
Khelifi A;Duret L;Mouchiroud D
通讯作者：
Mouchiroud D
影响因子：
14.9
作者：
Karro JE;Yan Y;Zheng D;Zhang Z;Carriero N;Cayting P;Harrrison P;Gerstein M
通讯作者：
Gerstein M