Knowledge Network Embedding of Transcriptomic Data from Spaceflown Mice Uncovers Signs and Symptoms Associated with Terrestrial Diseases.
Knowledge Network Embedding of Transcriptomic Data from Spaceflown Mice Uncovers Signs and Symptoms Associated with Terrestrial Diseases.
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DOI：
10.3390/life11010042
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发表时间：
2021-01-12
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Costes SV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nelson CA;Acuna AU;Paul AM;Scott RT;Butte AJ;Cekanaviciute E;Baranzini SE;Costes SV
长期以来，人们一直有兴趣了解航天飞行的危害如何可能引发或加剧人类疾病。为了增进我们对太空旅行中生理变化的了解，NASA基因实验室提供了一个来自真实的和模拟太空飞行研究的多组学数据的开源存储库。仅凭这些数据，就可以识别航天飞行期间的生物变化，但无法推断这可能在表型水平上对宇航员产生何种影响。为了弥合这一差距，可扩展的精准医学导向知识引擎（SPOKE），一个连接来自30多个数据库的生物和临床数据的异构知识图，与来自6项研究的GeneLab转录组数据相结合。这种整合确定了航天飞行期间发生的关键症状和生理变化。
There has long been an interest in understanding how the hazards from spaceflight may trigger or exacerbate human diseases. With the goal of advancing our knowledge on physiological changes during space travel, NASA GeneLab provides an open-source repository of multi-omics data from real and simulated spaceflight studies. Alone, this data enables identification of biological changes during spaceflight, but cannot infer how that may impact an astronaut at the phenotypic level. To bridge this gap, Scalable Precision Medicine Oriented Knowledge Engine (SPOKE), a heterogeneous knowledge graph connecting biological and clinical data from over 30 databases, was used in combination with GeneLab transcriptomic data from six studies. This integration identified critical symptoms and physiological changes incurred during spaceflight.
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影响因子：
14.9
作者：
The Gene Ontology Consortium
通讯作者：
The Gene Ontology Consortium
DOI：
10.1016/j.patter.2020.100148
发表时间：
2020-12-11
期刊：
Patterns (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Rutter L;Barker R;Bezdan D;Cope H;Costes SV;Degoricija L;Fisch KM;Gabitto MI;Gebre S;Giacomello S;Gilroy S;Green SJ;Mason CE;Reinsch SS;Szewczyk NJ;Taylor DM;Galazka JM;Herranz R;Muratani M
通讯作者：
Muratani M
太空飞行小鼠胸腺组织的芯片分析揭示了调控应激和糖皮质激素受体的基因表达变化
影响因子：
4
作者：
Lebsack, Ty W.;Fa, Vuna;DeLuca, Dominick
通讯作者：
DeLuca, Dominick
影响因子：
8.8
作者：
Malkani S;Chin CR;Cekanaviciute E;Mortreux M;Okinula H;Tarbier M;Schreurs AS;Shirazi-Fard Y;Tahimic CGT;Rodriguez DN;Sexton BS;Butler D;Verma A;Bezdan D;Durmaz C;MacKay M;Melnick A;Meydan C;Li S;Garrett-Bakelman F;Fromm B;Afshinnekoo E;Langhorst BW;Dimalanta ET;Cheng-Campbell M;Blaber E;Schisler JC;Vanderburg C;Friedländer MR;McDonald JT;Costes SV;Rutkove S;Grabham P;Mason CE;Beheshti A
通讯作者：
Beheshti A
影响因子：
16.6
作者：
Munro, Sarah A.;Lund, Steven P.;Salit, Marc
通讯作者：
Salit, Marc