miRPathDB: a new dictionary on microRNAs and target pathways.
miRPathDB: a new dictionary on microRNAs and target pathways.
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DOI：
10.1093/nar/gkw926
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发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Keller A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Backes C;Kehl T;Stöckel D;Fehlmann T;Schneider L;Meese E;Lenhof HP;Keller A
在过去的十年中，人们对mirna及其调控机制进行了深入的研究，并开发了许多分析mirna及其靶点的工具。我们之前提出了一个关于单个mirna及其假定靶标通路的词典。从那时起，mirna的数量增加了两倍，关于mirna和靶点的知识也有了实质性的增长。这与途径资源（如KEGG）的变化一起，导致对mirna、其靶基因和相关途径的理解得到改善。在这里，我们介绍miRNA通路字典数据库（miRPathDB），可在https://mpd.bioinf.uni-sb.de/免费访问。有了这个数据库，我们的目标是补充现有的目标通路网络服务器，为研究人员提供方便的信息，使他们能够访问哪些途径是由miRNA调节的，哪些miRNA以途径为目标，以及这些调节有多具体。该数据库包含大量的miRNA(2595个人类miRNA)，不同的miRNA靶标集（14 773个实验验证的靶基因和19 281个预测的靶基因）和广泛的功能生化分类（KEGG-, WikiPathways-, BioCarta-, SMPDB-, PID-， Reactome途径，基因本体（GO）功能分类，Pfam蛋白家族和染色体位置共计12 875个类别）。除了智人，小家鼠的数据也被储存起来，可以与人类的目标通路进行比较。
In the last decade, miRNAs and their regulatory mechanisms have been intensively studied and many tools for the analysis of miRNAs and their targets have been developed. We previously presented a dictionary on single miRNAs and their putative target pathways. Since then, the number of miRNAs has tripled and the knowledge on miRNAs and targets has grown substantially. This, along with changes in pathway resources such as KEGG, leads to an improved understanding of miRNAs, their target genes and related pathways. Here, we introduce the miRNA Pathway Dictionary Database (miRPathDB), freely accessible at https://mpd.bioinf.uni-sb.de/. With the database we aim to complement available target pathway web-servers by providing researchers easy access to the information which pathways are regulated by a miRNA, which miRNAs target a pathway and how specific these regulations are. The database contains a large number of miRNAs (2595 human miRNAs), different miRNA target sets (14 773 experimentally validated target genes as well as 19 281 predicted targets genes) and a broad selection of functional biochemical categories (KEGG-, WikiPathways-, BioCarta-, SMPDB-, PID-, Reactome pathways, functional categories from gene ontology (GO), protein families from Pfam and chromosomal locations totaling 12 875 categories). In addition to Homo sapiens, also Mus musculus data are stored and can be compared to human target pathways.
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