Juicebox Provides a Visualization System for Hi-C Contact Maps with Unlimited Zoom.
Juicebox Provides a Visualization System for Hi-C Contact Maps with Unlimited Zoom.
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DOI：
10.1016/j.cels.2015.07.012
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发表时间：
2016-07
期刊：
影响因子：
9.3
通讯作者：
Aiden EL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Durand NC;Robinson JT;Shamim MS;Machol I;Mesirov JP;Lander ES;Aiden EL
Hi-C实验研究基因组如何在3D中折叠，生成包含小至20 bp和大至200 Mb特征的接触图。在这里，我们介绍Juicebox，一个用于探索Hi-C和其他联系人地图数据的工具。Juicebox允许用户交互式地放大和缩小Hi-C地图，就像Google Earth的用户可以放大和缩小地理地图一样。地图可以相互比较，或者与1D轨迹或2D特征集进行比较。
Hi-C experiments study how genomes fold in 3D, generating contact maps containing features as small as 20bp and as large as 200-Mb. Here we introduce Juicebox, a tool for exploring Hi-C and other contact map data. Juicebox allows users to zoom in and out of Hi-C maps interactively, just as a user of Google Earth might zoom in and out of a geographic map. Maps can be compared to one another, or to 1D tracks or 2D feature sets.
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影响因子：
9.3
作者：
Durand NC;Shamim MS;Machol I;Rao SS;Huntley MH;Lander ES;Aiden EL
通讯作者：
Aiden EL
影响因子：
64.5
作者：
Rao SS;Huntley MH;Durand NC;Stamenova EK;Bochkov ID;Robinson JT;Sanborn AL;Machol I;Omer AD;Lander ES;Aiden EL
通讯作者：
Aiden EL
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu082
发表时间：
2014-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Paulsen J;Sandve GK;Gundersen S;Lien TG;Trengereid K;Hovig E
通讯作者：
Hovig E
影响因子：
5.8
作者：
Servant, Nicolas;Lajoie, Bryan R.;Barillot, Emmanuel
通讯作者：
Barillot, Emmanuel
影响因子：
56.9
作者：
Lieberman-Aiden, Erez;van Berkum, Nynke L.;Dekker, Job
通讯作者：
Dekker, Job