Identification and phylogenetic analysis of Dictyostelium discoideum kinesin proteins.
Identification and phylogenetic analysis of Dictyostelium discoideum kinesin proteins.
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DOI：
10.1186/1471-2164-4-47
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发表时间：
2003-11-27
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Glöckner G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kollmar M;Glöckner G
动蛋白是真核细胞中运动蛋白的一个大的超家族。它们以微管和ATP依赖的方式执行不同的任务，如囊泡和细胞器的运输和染色体分离。近年来，一些真核生物的基因组已经完成了测序。随后的研究揭示了这些生物表达的动蛋白超家族的全套成员，并对其进行了分类。在盘状网柄菌中，目前只报道了5种动蛋白超家族蛋白(Kif‘s)。在这里，我们报告了利用盘基网柄菌基因组计划的原始鸟枪读数中的信息来鉴定13个动蛋白基因。构建了390个运动蛋白运动区序列的系统发育树，将Dictyostoma kinesins划分为9个亚家族。根据已知的细胞功能或与其他生物的动蛋白同源性，有4个动蛋白参与细胞器运输，6个参与细胞分裂过程，2个被预测具有多种功能，1个动蛋白可能是一个新亚类的创立者。通过对网柄网柄菌基因组的分析，鉴定出8种新的运动蛋白马达蛋白。根据详尽的系统发育比较，网柄网柄菌含有与高等真核生物进行有丝分裂所需的相同的动蛋白亚群。一些Kinesin与细胞内的交通有关，少数具有不可预测的功能。
Kinesins constitute a large superfamily of motor proteins in eukaryotic cells. They perform diverse tasks such as vesicle and organelle transport and chromosomal segregation in a microtubule- and ATP-dependent manner. In recent years, the genomes of a number of eukaryotic organisms have been completely sequenced. Subsequent studies revealed and classified the full set of members of the kinesin superfamily expressed by these organisms. For Dictyostelium discoideum, only five kinesin superfamily proteins (Kif's) have already been reported. Here, we report the identification of thirteen kinesin genes exploiting the information from the raw shotgun reads of the Dictyostelium discoideum genome project. A phylogenetic tree of 390 kinesin motor domain sequences was built, grouping the Dictyostelium kinesins into nine subfamilies. According to known cellular functions or strong homologies to kinesins of other organisms, four of the Dictyostelium kinesins are involved in organelle transport, six are implicated in cell division processes, two are predicted to perform multiple functions, and one kinesin may be the founder of a new subclass. This analysis of the Dictyostelium genome led to the identification of eight new kinesin motor proteins. According to an exhaustive phylogenetic comparison, Dictyostelium contains the same subset of kinesins that higher eukaryotes need to perform mitosis. Some of the kinesins are implicated in intracellular traffic and a small number have unpredictable functions.
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DOI：
10.1083/jcb.150.2.f63
发表时间：
2000-07-24
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Goldstein LS;Gunawardena S
通讯作者：
Gunawardena S
影响因子：
16
作者：
Hunter, AW;Caplow, M;Howard, J
通讯作者：
Howard, J
影响因子：
64.8
作者：
Kashina, AS;Baskin, RJ;Scholey, JM
通讯作者：
Scholey, JM
影响因子：
2.9
作者：
Karabay, A;Walker, RA
通讯作者：
Walker, RA
影响因子：
11.4
作者：
Hill, E;Clarke, N;Barr, FA
通讯作者：
Barr, FA