Proposal for a unified norovirus nomenclature and genotyping.
Proposal for a unified norovirus nomenclature and genotyping.
复制标题
统一的诺如病毒术语和基因分型的提案。
DOI：
10.1007/s00705-013-1708-5
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发表时间：
2013-10
影响因子：
2.7
通讯作者：
Koopmans M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kroneman A;Vega E;Vennema H;Vinjé J;White PA;Hansman G;Green K;Martella V;Katayama K;Koopmans M
诺如病毒属于杯状病毒科的一种遗传多样性病毒，可引起人和动物的急性胃肠炎。它们被细分为基因组，每个基因组又进一步分为不同的基因类型。直到最近，一种新的基因型是基于VP1全序列的定义成对距离截止点，但随着可用的诺沃克病毒序列数量的增加，这个截止点不再准确，公共数据库中的序列被错误分类。在这篇文章中，我们论证了不再使用成对距离截断法，并概述了一种分类诺如病毒的系统发育方法。此外，我们提出了一个使用ORF1和VP1序列的双重命名法，因为重组是常见的，识别重组病毒可能是相关的。随着新的诺沃克病毒谱系的不断出现，我们建议通过一个国际诺沃克病毒工作组来协调新诺沃克病毒基因类型的命名。
Noroviruses belong to a genus of genetically diverse viruses within the family Caliciviridae and cause acute gastroenteritis in humans and animals. They are subdivided into genogroups, each of which further segregates into genotypes. Until recently, a new genotype was based on a defined pairwise distance cutoff of complete VP1 sequences, but with the increasing number of available norovirus sequences, this cutoff is no longer accurate, and sequences in the public database have been misclassified. In this paper, we demonstrate that the pairwise distance cutoff method can no longer be used and outline a phylogenetic approach to classify noroviruses. Further-more, we propose a dual nomenclature using both ORF1 and VP1 sequences, as recombination is common and recognizing recombinant viruses may be relevant. With the continuing emergence of new norovirus lineages, we propose to coordinate nomenclature of new norovirus genotypes through an international norovirus working group.
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