High-resolution profiling of homing endonuclease binding and catalytic specificity using yeast surface display.
High-resolution profiling of homing endonuclease binding and catalytic specificity using yeast surface display.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkp726
复制
发表时间：
2009-11
影响因子：
14.9
通讯作者：
Scharenberg AM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jarjour J;West-Foyle H;Certo MT;Hubert CG;Doyle L;Getz MM;Stoddard BL;Scharenberg AM
蛋白质- DNA相互作用的实验分析和操作提出了独特的生物物理挑战，这些挑战来自DNA聚合物的结构和化学均匀性。我们报告使用酵母表面显示分析和选择为基础的应用程序之间的相互作用LAGLIDADG归巢内切酶和它的DNA目标。使用寡核苷酸底物的定量流式细胞术促进了dna结合和催化的完整特异性分析，具有单碱基对分辨率。这些分析表明，在伪二聚体相互作用的一半上，结合特异性和亲和力是全面分离的，而整个界面在催化水平上贡献了特异性。单轮靶向诱变与串联亲和和催化选择步骤提供了机制的见解，结合和催化特异性的起源。这些方法代表了一种动态的新方法来询问蛋白质- dna相互作用的特异性。
Experimental analysis and manipulation of protein–DNA interactions pose unique biophysical challenges arising from the structural and chemical homogeneity of DNA polymers. We report the use of yeast surface display for analytical and selection-based applications for the interaction between a LAGLIDADG homing endonuclease and its DNA target. Quantitative flow cytometry using oligonucleotide substrates facilitated a complete profiling of specificity, both for DNA-binding and catalysis, with single base pair resolution. These analyses revealed a comprehensive segregation of binding specificity and affinity to one half of the pseudo-dimeric interaction, while the entire interface contributed specificity at the level of catalysis. A single round of targeted mutagenesis with tandem affinity and catalytic selection steps provided mechanistic insights to the origins of binding and catalytic specificity. These methods represent a dynamic new approach for interrogating specificity in protein–DNA interactions.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Epinat, JC;Arnould, S;Lacroix, E
通讯作者：
Lacroix, E
影响因子：
14.9
作者：
Rosen LE;Morrison HA;Masri S;Brown MJ;Springstubb B;Sussman D;Stoddard BL;Seligman LM
通讯作者：
Seligman LM
影响因子：
6.8
作者：
Gai, S. Annie;Wittrup, K. Dane
通讯作者：
Wittrup, K. Dane
影响因子：
15
作者：
Puckett, James W.;Muzikar, Katy A.;Dervan, Peter B.
通讯作者：
Dervan, Peter B.
影响因子：
5.6
作者：
Scalley-Kim, Michelle;McConnell-Smith, Audrey;Stoddard, Barry L.
通讯作者：
Stoddard, Barry L.