ViralFlow: A Versatile Automated Workflow for SARS-CoV-2 Genome Assembly, Lineage Assignment, Mutations and Intrahost Variant Detection.
ViralFlow: A Versatile Automated Workflow for SARS-CoV-2 Genome Assembly, Lineage Assignment, Mutations and Intrahost Variant Detection.
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DOI：
10.3390/v14020217
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发表时间：
2022-01-23
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
On Behalf Of The Fiocruz Covid-Genomic Surveillance Network
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dezordi FZ;Neto AMDS;Campos TL;Jeronimo PMC;Aksenen CF;Almeida SP;Wallau GL;On Behalf Of The Fiocruz Covid-Genomic Surveillance Network
COVID-19 大流行是由 2019 年出现的严重急性呼吸系统综合症冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 驱动的，并在全球范围内迅速传播。基因组监测已成为用于监测和研究这种快速传播的病毒及其不断出现的谱系的黄金标准方法。当前全球范围内产生的大量 SARS-CoV-2 基因组数据给简化生物信息学工作流程的迫切需求带来了额外的压力。在这里，我们描述了我们团队开发的用于处理和分析大规模 SARS-CoV-2 Illumina 扩增子测序数据的工作流程。该工作流程自动执行基于 SARS-CoV-2 参考的基因组分析的所有步骤：数据处理、基因组组装、PANGO 谱系分配、突变分析和宿主内变异筛选。该管道能够在个人笔记本电脑上在不到半小时内处理一批大约 100 个样本，在具有 50 个线程的服务器上在不到五分钟内处理一批大约 100 个样本。这里介绍的工作流程可通过 Docker 或 Singularity 映像使用，允许在笔记本电脑上实现小规模分析或在高处理能力服务器或集群上实现。此外，ViralFlow 对内存和 CPU 内核的低要求以及提供的标准化结果凸显了它作为 SARS-CoV-2 基因组分析的多功能工具。
The COVID-19 pandemic is driven by Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) that emerged in 2019 and quickly spread worldwide. Genomic surveillance has become the gold standard methodology used to monitor and study this fast-spreading virus and its constantly emerging lineages. The current deluge of SARS-CoV-2 genomic data generated worldwide has put additional pressure on the urgent need for streamlined bioinformatics workflows. Here, we describe a workflow developed by our group to process and analyze large-scale SARS-CoV-2 Illumina amplicon sequencing data. This workflow automates all steps of SARS-CoV-2 reference-based genomic analysis: data processing, genome assembly, PANGO lineage assignment, mutation analysis and the screening of intrahost variants. The pipeline is capable of processing a batch of around 100 samples in less than half an hour on a personal laptop or in less than five minutes on a server with 50 threads. The workflow presented here is available through Docker or Singularity images, allowing for implementation on laptops for small-scale analyses or on high processing capacity servers or clusters. Moreover, the low requirements for memory and CPU cores and the standardized results provided by ViralFlow highlight it as a versatile tool for SARS-CoV-2 genomic analysis.
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影响因子：
5.3
作者：
Resende PC;Naveca FG;Lins RD;Dezordi FZ;Ferraz MVF;Moreira EG;Coêlho DF;Motta FC;Paixão ACD;Appolinario L;Lopes RS;Mendonça ACDF;da Rocha ASB;Nascimento V;Souza V;Silva G;Nascimento F;Neto LGL;da Silva FV;Riediger I;Debur MDC;Leite AB;Mattos T;da Costa CF;Pereira FM;Dos Santos CA;Rovaris DB;Fernandes SB;Abbud A;Sacchi C;Khouri R;Bernardes AFL;Delatorre E;Gräf T;Siqueira MM;Bello G;Wallau GL
通讯作者：
Wallau GL
SARS-CoV-2 的全基因组测序：调整 Illumina 协议，在大流行期间快速准确地开展疫情调查
影响因子：
3.5
作者：
Pillay, Sureshnee;Giandhari, Jennifer;de Oliveira, Tulio
通讯作者：
de Oliveira, Tulio
影响因子：
3.7
作者：
Brandt C;Krautwurst S;Spott R;Lohde M;Jundzill M;Marquet M;Hölzer M
通讯作者：
Hölzer M
影响因子：
82.9
作者：
Naveca, Felipe Gomes;Nascimento, Valdinete;Bello, Gonzalo
通讯作者：
Bello, Gonzalo
DOI：
10.1016/j.jcv.2021.104894
发表时间：
2021-08
期刊：
Journal of clinical virology : the official publication of the Pan American Society for Clinical Virology
影响因子：
--
作者：
Nörz D;Grunwald M;Olearo F;Fischer N;Aepfelbacher M;Pfefferle S;Lütgehetmann M
通讯作者：
Lütgehetmann M