The complete chloroplast genome sequence of Huperzia javanica (sw.) C. Y. Yang in Lycopodiaceae.
The complete chloroplast genome sequence of Huperzia javanica (sw.) C. Y. Yang in Lycopodiaceae.
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石松科石杉 (Huperzia javanica (sw.) C. Y. Yang) 叶绿体基因组全序列
DOI：
10.1080/23802359.2017.1310603
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发表时间：
2017-04-09
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhang XC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang HR;Kang JS;Viane RLL;Zhang XC
石杉Huperzia javanica（Sw.）C. Y.杨是一种用于治疗老年痴呆症的珍贵草药。在此，我们描述了H. javanica中使用Illumina配对末端测序。基因组全长154，415 bp，包含119个独特基因，其中蛋白质编码基因86个，tRNA基因29个，rRNA基因4个。基因内容和顺序与两个先前报道的石杉属基因组一致。叶绿体基因组总GC含量为0.001%，叶绿体基因组总GC含量为0.001%。爪哇占36.4%。我们的最大似然树的拓扑结构与以前的研究中发现的拓扑结构是一致的，H。javanica是H. serrata和H.透明的我们支持H.爪哇是一个独立的物种蛇足石杉与H. lucidula比H. javanica。
Huperzia javanica (Sw.) C. Y. Yang is a valuable medical herb used for treating Alzheimer’s disease. Here, we described the complete chloroplast genome of H. javanica using Illumina paired-end sequencing. The total genome length is 154,415 bp, containing 119 unique genes, with 86 protein-coding genes, 29 tRNA genes, and 4 rRNA genes. The gene content and their order are consistent with two previously reported Huperzia genomes. The overall GC content of the chloroplast genome of H. javanica is 36.4%. The topology of our maximum-likelihood tree is consistent with topologies found in previous studies, with H. javanica sister to a clade of H. serrata and H. lucidula. We support the recognition of H. javanica as an independent species. Huperzia serrata is more closely related to H. lucidula than to H. javanica.
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影响因子：
3.6
作者：
Guo ZY;Zhang HR;Shrestha N;Zhang XC
通讯作者：
Zhang XC
影响因子：
5.8
作者：
Wyman, SK;Jansen, RK;Boore, JL
通讯作者：
Boore, JL
影响因子：
3.5
作者：
Wolf, PG;Karol, KG;Boore, JL
通讯作者：
Boore, JL
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts199
发表时间：
2012-06-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Kearse M;Moir R;Wilson A;Stones-Havas S;Cheung M;Sturrock S;Buxton S;Cooper A;Markowitz S;Duran C;Thierer T;Ashton B;Meintjes P;Drummond A
通讯作者：
Drummond A
影响因子：
3
作者：
Burke, Sean V.;Grennan, Colin P.;Duvall, Melvin R.
通讯作者：
Duvall, Melvin R.