RiceXPro version 3.0: expanding the informatics resource for rice transcriptome.
RiceXPro version 3.0: expanding the informatics resource for rice transcriptome.
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DOI：
10.1093/nar/gks1125
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发表时间：
2013-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Nagamura Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sato Y;Takehisa H;Kamatsuki K;Minami H;Namiki N;Ikawa H;Ohyanagi H;Sugimoto K;Antonio BA;Nagamura Y
广泛的基因表达谱资源增强了植物分子生物学的各种策略，特别是在基因功能的表征。我们更新了我们的基因表达谱数据库RiceXPro（http：//ricexpro.dna.affrc.go.jp/），以提供关于水稻转录组的更全面的信息，包括整个生长周期和各种实验条件。基因表达谱目前分为三类，即，“田间/开发”与572个数据对应的12个数据集，“植物激素”与143个数据对应的13个数据集和“细胞和组织类型”包括38个微阵列数据。除了用于检索每个数据集中的基因/基因的表达信息的接口之外，我们还结合了用于从每个类别内的多个数据集搜索基因表达谱的整体视图的全局方法的接口。此外，我们还增加了BLAST搜索功能，使用户能够探索与查询序列相似的基因的表达谱。因此，RiceXPro的更新版本可以更有效地用于足够深入地调查水稻的基因表达特征，也可以为其他谷类作物的基因功能提供线索。
A wide range of resources on gene expression profiling enhance various strategies in plant molecular biology particularly in characterization of gene function. We have updated our gene expression profile database, RiceXPro (http://ricexpro.dna.affrc.go.jp/), to provide more comprehensive information on the transcriptome of rice encompassing the entire growth cycle and various experimental conditions. The gene expression profiles are currently grouped into three categories, namely, ‘field/development’ with 572 data corresponding to 12 data sets, ‘plant hormone’ with 143 data corresponding to 13 data sets and ‘cell- and tissue-type’ comprising of 38 microarray data. In addition to the interface for retrieving expression information of a gene/genes in each data set, we have incorporated an interface for a global approach in searching an overall view of the gene expression profiles from multiple data sets within each category. Furthermore, we have also added a BLAST search function that enables users to explore expression profile of a gene/genes with similarity to a query sequence. Therefore, the updated version of RiceXPro can be used more efficiently to survey the gene expression signature of rice in sufficient depth and may also provide clues on gene function of other cereal crops.
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影响因子：
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作者：
Nagamura Y;Antonio BA;Sato Y;Miyao A;Namiki N;Yonemaru J;Minami H;Kamatsuki K;Shimura K;Shimizu Y;Hirochika H
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