Rhea--a manually curated resource of biochemical reactions.
Rhea--a manually curated resource of biochemical reactions.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkr1126
复制
发表时间：
2012-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Steinbeck C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Alcántara R;Axelsen KB;Morgat A;Belda E;Coudert E;Bridge A;Cao H;de Matos P;Ennis M;Turner S;Owen G;Bougueleret L;Xenarios I;Steinbeck C
Rhea（http://www.ebi.ac.uk/rhea）是专家策划的生化反应的综合资源。 RHEA提供了一组非冗余的化学转化，用于在广泛的应用中使用，包括代谢网络重建和途径推断。 RHEA包括酶催化的反应（覆盖IUBMB酶命名列表），转运反应和自发发生的反应。使用来自生物学本体论化学实体（CHEBI）的化学物质描述了RHEA反应，并具有石化为质量和电荷。它们通过与源文献和其他有关新陈代谢的公共资源的链接进行了广泛的策划，包括酶和途径数据库。这种交叉引用促进了不同资源之间常见反应和化合物的映射和核对，这是重建基因组量表代谢网络和模型的常见第一步。
Rhea (http://www.ebi.ac.uk/rhea) is a comprehensive resource of expert-curated biochemical reactions. Rhea provides a non-redundant set of chemical transformations for use in a broad spectrum of applications, including metabolic network reconstruction and pathway inference. Rhea includes enzyme-catalyzed reactions (covering the IUBMB Enzyme Nomenclature list), transport reactions and spontaneously occurring reactions. Rhea reactions are described using chemical species from the Chemical Entities of Biological Interest ontology (ChEBI) and are stoichiometrically balanced for mass and charge. They are extensively manually curated with links to source literature and other public resources on metabolism including enzyme and pathway databases. This cross-referencing facilitates the mapping and reconciliation of common reactions and compounds between distinct resources, which is a common first step in the reconstruction of genome scale metabolic networks and models.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1038/nrmicro1949
发表时间：
2009-02
期刊：
Nature reviews. Microbiology
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Caspi R;Altman T;Dale JM;Dreher K;Fulcher CA;Gilham F;Kaipa P;Karthikeyan AS;Kothari A;Krummenacker M;Latendresse M;Mueller LA;Paley S;Popescu L;Pujar A;Shearer AG;Zhang P;Karp PD
通讯作者：
Karp PD
影响因子：
14.9
作者：
Keseler IM;Collado-Vides J;Santos-Zavaleta A;Peralta-Gil M;Gama-Castro S;Muñiz-Rascado L;Bonavides-Martinez C;Paley S;Krummenacker M;Altman T;Kaipa P;Spaulding A;Pacheco J;Latendresse M;Fulcher C;Sarker M;Shearer AG;Mackie A;Paulsen I;Gunsalus RP;Karp PD
通讯作者：
Karp PD
影响因子：
14.9
作者：
Holliday GL;Almonacid DE;Bartlett GJ;O'Boyle NM;Torrance JW;Murray-Rust P;Mitchell JB;Thornton JM
通讯作者：
Thornton JM
影响因子：
3.2
作者：
Reitz, M;Sacher, O;Gasteiger, J
通讯作者：
Gasteiger, J