msRepDB: a comprehensive repetitive sequence database of over 80 000 species.
msRepDB: a comprehensive repetitive sequence database of over 80 000 species.
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msRepDB：包含超过 80 000 个物种的综合重复序列数据库
DOI：
10.1093/nar/gkab1089
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发表时间：
2022-01-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Gao X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liao X;Hu K;Salhi A;Zou Y;Wang J;Gao X
重复序列普遍存在于所有细菌、植物和动物的基因组中，几乎覆盖了人类基因组的一半，在进化、遗传、变异和基因组不稳定性中起着不可或缺的作用，并作为染色体重排的底物，包括致病性缺失、倒位和易位。对基因组中重复序列的全面识别、分类和注释可以为理解和诊断复杂疾病、优化植物性状和开发新药提供准确和有针对性的解决方案。RepBase和Dfam是两个最常用的重复数据库，但它们不够完整。由于缺乏一个全面的多物种重复数据库，目前在这方面的研究还远远不能令人满意。LongRepMarker是本课题组最近开发的一种新的用于基因组重复序列的综合鉴定的框架。我们在这里提出了基于LongRepMarker的msRepDB，这是目前最全面的多物种重复数据库，覆盖超过80 000个物种。综合评价表明，msRepDB比RepBase和Dfam数据库包含更多的物种、更完整的重复序列和家族。（https：//msrepdb.cbrc.kaust.edu.sa/pages/msRepDB/index.html）。
Repeats are prevalent in the genomes of all bacteria, plants and animals, and they cover nearly half of the Human genome, which play indispensable roles in the evolution, inheritance, variation and genomic instability, and serve as substrates for chromosomal rearrangements that include disease-causing deletions, inversions, and translocations. Comprehensive identification, classification and annotation of repeats in genomes can provide accurate and targeted solutions towards understanding and diagnosis of complex diseases, optimization of plant properties and development of new drugs. RepBase and Dfam are two most frequently used repeat databases, but they are not sufficiently complete. Due to the lack of a comprehensive repeat database of multiple species, the current research in this field is far from being satisfactory. LongRepMarker is a new framework developed recently by our group for comprehensive identification of genomic repeats. We here propose msRepDB based on LongRepMarker, which is currently the most comprehensive multi-species repeat database, covering >80 000 species. Comprehensive evaluations show that msRepDB contains more species, and more complete repeats and families than RepBase and Dfam databases. (https://msrepdb.cbrc.kaust.edu.sa/pages/msRepDB/index.html).
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DOI：
10.1146/annurev-genom-082509-141802
发表时间：
2011
影响因子：
8.7
作者：
Beck CR;Garcia-Perez JL;Badge RM;Moran JV
通讯作者：
Moran JV
影响因子：
14.5
作者：
Belancio VP;Roy-Engel AM;Deininger PL
通讯作者：
Deininger PL
RepAHR：一种通过组装高频读数进行从头重复识别的改进方法
影响因子：
3
作者：
Liao X;Gao X;Zhang X;Wu FX;Wang J
通讯作者：
Wang J
DOI：
10.3390/jof4010039
发表时间：
2018-03-20
期刊：
Journal of fungi (Basel, Switzerland)
影响因子：
--
作者：
Basenko EY;Pulman JA;Shanmugasundram A;Harb OS;Crouch K;Starns D;Warrenfeltz S;Aurrecoechea C;Stoeckert CJ Jr;Kissinger JC;Roos DS;Hertz-Fowler C
通讯作者：
Hertz-Fowler C
影响因子：
4.9
作者：
Bao W;Kojima KK;Kohany O
通讯作者：
Kohany O