Differences in Genetic Diversity of Mammalian Tick-Borne Flaviviruses.
Differences in Genetic Diversity of Mammalian Tick-Borne Flaviviruses.
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DOI：
10.3390/v15020281
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发表时间：
2023-01-19
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哺乳动物壁虱传播的黄病毒的遗传多样性还知之甚少。我们使用下一代测序(NGS)对属于这一组黄病毒的不同病毒和毒株进行了深度测序，包括中欧森林脑炎病毒(TBEV-EUR)、远东脑炎病毒(TBEV-FE)、兰加特病毒(LGTV)、鲍瓦桑病毒(POWV)、鹿虱病毒(DTV)、基萨努尔森林病(KFDV)、阿尔库玛出血热(AHFV)和鄂木斯克出血热(OHFV)病毒。DTV、AHFV和KFDV的遗传多样性最低，POWV-5530和LB、OHFV、TBEV-EUR和TBEV-FE的遗传多样性较高。这些发现与病毒之间的系统发育关系是一致的。对于DTV和POWV，遗传多样性的大小可以用每个病毒所能占据的媒介种类和扩增宿主的数量来解释，低多样性的DTV具有更有限的载体和宿主池，而遗传多样性较高的POWV已从不同的森林物种和哺乳动物中分离出来。据推测，当病毒遇到这些不同的环境时，高度的遗传多样性可能有助于病毒的生存。
The genetic diversities of mammalian tick-borne flaviviruses are poorly understood. We used next-generation sequencing (NGS) to deep sequence different viruses and strains belonging to this group of flaviviruses, including Central European tick-borne encephalitis virus (TBEV-Eur), Far Eastern TBEV (TBEV-FE), Langat (LGTV), Powassan (POWV), Deer Tick (DTV), Kyasanur Forest Disease (KFDV), Alkhurma hemorrhagic fever (AHFV), and Omsk hemorrhagic fever (OHFV) viruses. DTV, AHFV, and KFDV had the lowest genetic diversity, while POWV strains LEIV-5530 and LB, OHFV, TBEV-Eur, and TBEV-FE had higher genetic diversities. These findings are compatible with the phylogenetic relationships between the viruses. For DTV and POWV, the amount of genetic diversity could be explained by the number of tick vector species and amplification hosts each virus can occupy, with low diversity DTV having a more limited vector and host pool, while POWV with higher genetic diversities has been isolated from different tick species and mammals. It is speculated that high genetic diversity may contribute to the survival of the virus as it encounters these different environments.
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