Rfam 14: expanded coverage of metagenomic, viral and microRNA families.
Rfam 14: expanded coverage of metagenomic, viral and microRNA families.
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DOI：
10.1093/nar/gkaa1047
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发表时间：
2021-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Petrov AI
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kalvari I;Nawrocki EP;Ontiveros-Palacios N;Argasinska J;Lamkiewicz K;Marz M;Griffiths-Jones S;Toffano-Nioche C;Gautheret D;Weinberg Z;Rivas E;Eddy SR;Finn RD;Bateman A;Petrov AI
RFAM是RNA家族的数据库，其中3444个家族中的每个族都由已知RNA序列的多个序列比对表示，并且可以用于搜索该家族的其他成员。最近的事态发展涉及专家合作，以提高RFAM数据的质量和覆盖范围，重点是microRNA，病毒和细菌RNA。我们已经完成了在RFAM和Mirbase中同步microRNA家族的第一阶段，创建了356个新的RFAM家族并更新了40个。我们建立了一种从Flavivivirus和Coronaviridae RNA开始的综合病毒RNA家族的程序。我们还增加了来自ZWD数据库的细菌和元基因组的RNA家族的覆盖率。这些事态发展使数据库有了显着的增长，在RFAM 14中增加了759个新家庭。为了促进对RFAM的进一步贡献，专家用户现在能够使用新开发的RFAM Cloud Family Curation System建立和提交新家庭。新的RFAM网站功能包括由rnacentral提供支持的新序列相似性搜索，以及具有伪诺的家庭的搜索和可视化。 RFAM可在https://rfam.org上免费获得。
Rfam is a database of RNA families where each of the 3444 families is represented by a multiple sequence alignment of known RNA sequences and a covariance model that can be used to search for additional members of the family. Recent developments have involved expert collaborations to improve the quality and coverage of Rfam data, focusing on microRNAs, viral and bacterial RNAs. We have completed the first phase of synchronising microRNA families in Rfam and miRBase, creating 356 new Rfam families and updating 40. We established a procedure for comprehensive annotation of viral RNA families starting with Flavivirus and Coronaviridae RNAs. We have also increased the coverage of bacterial and metagenome-based RNA families from the ZWD database. These developments have enabled a significant growth of the database, with the addition of 759 new families in Rfam 14. To facilitate further community contribution to Rfam, expert users are now able to build and submit new families using the newly developed Rfam Cloud family curation system. New Rfam website features include a new sequence similarity search powered by RNAcentral, as well as search and visualisation of families with pseudoknots. Rfam is freely available at https://rfam.org.
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影响因子：
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作者：
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Francois P
影响因子：
--
作者：
Kalvari I;Nawrocki EP;Argasinska J;Quinones-Olvera N;Finn RD;Bateman A;Petrov AI
通讯作者：
Petrov AI
影响因子：
14.9
作者：
Eggenhofer F;Hofacker IL;Höner Zu Siederdissen C
通讯作者：
Höner Zu Siederdissen C
地狱1.1：RNA同源性搜索速度更快100倍。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt509
发表时间：
2013-11-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Nawrocki EP;Eddy SR
通讯作者：
Eddy SR
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5
作者：
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