Mojo Hand, a TALEN design tool for genome editing applications.
Mojo Hand, a TALEN design tool for genome editing applications.
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DOI：
10.1186/1471-2105-14-1
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发表时间：
2013-01-16
影响因子：
3
通讯作者：
Ekker SC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Neff KL;Argue DP;Ma AC;Lee HB;Clark KJ;Ekker SC
最近对与核酸酶（TALEN）融合的转录激活因子样（TAL）效应结构域的研究表明了基因组编辑的巨大潜力。TALEN的有效设计需要选择适当的遗传特征、基于共有序列找到结合位点对以及在某些情况下鉴定用于下游分子遗传学应用的内源性限制性位点的组合。我们提出了用于设计用于基因组编辑应用的TAL和TALEN构建体的基于网络的程序Mojo Hand（www.talendesign.org）。我们描述了算法及其实现。Mojo Hand的功能包括：（1）从国家生物技术信息中心自动下载基因组数据，（2）分析任何DNA序列，以揭示基于用户定义模板的结合位点对，（3）选择TAL单体结合位点之间的间隔区中的限制性酶识别位点，包括选择限制性酶供应商的选项，以及（4）使用Golden Gate组装方法为后续TALEN构造设计的输出文件。Mojo Hand可以快速识别TAL结合位点，用于TALEN设计。TALEN构建体的组装也通过使用TAL位点预测程序结合试剂浓度和TALEN制剂的电子表格管理辅助来简化。Mojo Hand使科学家能够更快地部署TALEN用于基因组编辑应用。
Recent studies of transcription activator-like (TAL) effector domains fused to nucleases (TALENs) demonstrate enormous potential for genome editing. Effective design of TALENs requires a combination of selecting appropriate genetic features, finding pairs of binding sites based on a consensus sequence, and, in some cases, identifying endogenous restriction sites for downstream molecular genetic applications. We present the web-based program Mojo Hand for designing TAL and TALEN constructs for genome editing applications (http://www.talendesign.org). We describe the algorithm and its implementation. The features of Mojo Hand include (1) automatic download of genomic data from the National Center for Biotechnology Information, (2) analysis of any DNA sequence to reveal pairs of binding sites based on a user-defined template, (3) selection of restriction-enzyme recognition sites in the spacer between the TAL monomer binding sites including options for the selection of restriction enzyme suppliers, and (4) output files designed for subsequent TALEN construction using the Golden Gate assembly method. Mojo Hand enables the rapid identification of TAL binding sites for use in TALEN design. The assembly of TALEN constructs, is also simplified by using the TAL-site prediction program in conjunction with a spreadsheet management aid of reagent concentrations and TALEN formulation. Mojo Hand enables scientists to more rapidly deploy TALENs for genome editing applications.
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