Multiple ontologies in action: composite annotations for biosimulation models.
Multiple ontologies in action: composite annotations for biosimulation models.
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DOI：
10.1016/j.jbi.2010.06.007
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发表时间：
2011-02
影响因子：
4.5
通讯作者：
Cook DL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gennari JH;Neal ML;Galdzicki M;Cook DL
现在存在一组丰富的本体，为感兴趣的生物实体提供详细的语义。然而，没有（也不应该有）一个单一的源本体，提供所有必要的语义描述生物现象。在生理生物模拟模型领域，研究人员使用注释来传达语义，并且这些注释中的许多需要使用多个参考本体。因此，我们开发了复合注释的想法，它可以访问多个本体来捕获模型变量的基于物理的含义。这些复合注释提供了消除生物模拟模型通常复杂特征的歧义所需的语义表达能力，并可用于辅助模型合并和互操作性。在本文中，我们展示了实用的复合注释模型合并描述其使用SemGen，我们基于语义的模型组合软件。更广泛地说，如果正交参考本体要满足其全部潜力，用户需要工具和方法来连接和链接这些本体。我们的复合注释和SemGen工具提供了一种利用多个引用本体的机制。
There now exists a rich set of ontologies that provide detailed semantics for biological entities of interest. However, there is not (nor should there be) a single source ontology that provides all the necessary semantics for describing biological phenomena. In the domain of physiological biosimulation models, researchers use annotations to convey semantics, and many of these annotations require the use of multiple reference ontologies. Therefore, we have developed the idea of composite annotations that access multiple ontologies to capture the physics-based meaning of model variables. These composite annotations provide the semantic expressivity needed to disambiguate the often-complex features of biosimulation models, and can be used to assist with model merging and interoperability. In this paper, we demonstrate the utility of composite annotations for model merging by describing their use within SemGen, our semantics-based model composition software. More broadly, if orthogonal reference ontologies are to meet their full potential, users need tools and methods to connect and link these ontologies. Our composite annotations and the SemGen tool provide one mechanism for leveraging multiple reference ontologies.
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