Comparative transcriptomics gives insights into the evolution of parasitism in Strongyloides nematodes at the genus, subclade and species level.
Comparative transcriptomics gives insights into the evolution of parasitism in Strongyloides nematodes at the genus, subclade and species level.
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DOI：
10.1038/s41598-018-23514-z
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发表时间：
2018-03-26
影响因子：
4.6
通讯作者：
Kikuchi T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hunt VL;Hino A;Yoshida A;Kikuchi T
圆形线虫是人类和其他动物的胃肠道线虫寄生虫，具有遗传相同的寄生和自由生活的成年生命周期阶段。这几乎是线虫的一个独特特征，这两个阶段的比较可以为线虫寄生的遗传基础和进化提供见解。在这里，我们提供了委内瑞拉S.（啮齿动物的寄生虫）的RNAseq数据，并确定了在寄生和自由生活生命周期阶段差异表达的基因。将这些数据与其他三种圆形线虫的类似RNAseq数据进行比较，发现了在寄生中可能起作用的关键蛋白质编码基因家族，包括wago样Argonautes（属水平）和斑点型poz样编码基因（S. venezuela -S.）。乳突蝇系统发育亚枝水平)。不同的基因家族在所有四种圆形线虫的寄生阶段都有独特的上调，包括委内瑞拉圆线虫中编码细胞色素P450的基因的明显上调，这表明单个物种在寄生生命周期阶段使用的分子工具存在一定的多样性。总之，我们的研究结果确定了在圆线虫寄生或寄生生命周期阶段特征中可能起作用的关键基因家族，并加深了我们对圆线虫物种寄生进化的理解。
Strongyloides spp., gastrointestinal nematode parasites of humans and other animals, have genetically identical parasitic and free-living adult life cycle stages. This is an almost unique feature amongst nematodes and comparison of these two stages can provide insights into the genetic basis and evolution of Strongyloides nematode parasitism. Here, we present RNAseq data for S. venezuelensis, a parasite of rodents, and identify genes that are differentially expressed in parasitic and free-living life cycle stages. Comparison of these data with analogous RNAseq data for three other Strongyloides spp., has identified key protein-coding gene families with a putative role in parasitism including WAGO-like Argonautes (at the genus level) and speckle-type POZ-like coding genes (S. venezuelensis-S. papillosus phylogenetic subclade level). Diverse gene families are uniquely upregulated in the parasitic stage of all four Strongyloides species, including a distinct upregulation of genes encoding cytochrome P450 in S. venezuelensis, suggesting some diversification of the molecular tools used in the parasitic life cycle stage among individual species. Together, our results identify key gene families with a putative role in Strongyloides parasitism or features of the parasitic life cycle stage, and deepen our understanding of parasitism evolution among Strongyloides species.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
2.4
作者：
Viney M;Kikuchi T
通讯作者：
Kikuchi T
影响因子：
30.8
作者：
Hunt VL;Tsai IJ;Coghlan A;Reid AJ;Holroyd N;Foth BJ;Tracey A;Cotton JA;Stanley EJ;Beasley H;Bennett HM;Brooks K;Harsha B;Kajitani R;Kulkarni A;Harbecke D;Nagayasu E;Nichol S;Ogura Y;Quail MA;Randle N;Xia D;Brattig NW;Soblik H;Ribeiro DM;Sanchez-Flores A;Hayashi T;Itoh T;Denver DR;Grant W;Stoltzfus JD;Lok JB;Murayama H;Wastling J;Streit A;Kikuchi T;Viney M;Berriman M
通讯作者：
Berriman M
影响因子：
7
作者：
Vilella, Albert J.;Severin, Jessica;Birney, Ewan
通讯作者：
Birney, Ewan
重复和正选择驱动乳头圆线虫寄生相关基因家族的进化。
影响因子：
3.3
作者：
Baskaran P;Jaleta TG;Streit A;Rödelsperger C
通讯作者：
Rödelsperger C