Host-specific genetic variation of highly pathogenic avian influenza viruses (H5N1).
Host-specific genetic variation of highly pathogenic avian influenza viruses (H5N1).
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DOI：
10.1007/s11262-011-0583-y
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发表时间：
2011-06
期刊：
影响因子：
1.6
通讯作者：
Ikuta, Kazuyoshi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ibrahim, Madiha Salah;Watanabe, Yohei;Ellakany, H. F.;Yamagishi, Aki;Sapsutthipas, Sompong;Toyoda, Tetsuya;El-Hamied, H. S. Abd;Ikuta, Kazuyoshi
对2007年埃及爆发的高致病性禽流感病毒（HPAI）H5 N1分离株A/chicken/Egypt/CL 6/07（CL 6/07）和A/duck/Egypt/D2 br 10/07（D2 br 10/07）进行了全基因组序列测定，并与GenBank中所有埃及HPAI H5 N1序列进行了比较。利用来自原始组织匀浆的RNA进行的序列分析显示，两种样品中的七个病毒片段中存在氨基酸取代。有趣的是，与其他埃及分离株相比，CL 6/07和D2 br 10/07之间的这些变化不同。此外，系统发育分析表明，独立的子聚类的两种病毒内的埃及序列，这意味着可能的差异适应在两个主机。此外，可能需要对H5 N1病毒进行扩增前分析，以准确解读数据，并确定影响病毒在不同禽类中演变的不同因素。
The complete genome sequences of two isolates A/chicken/Egypt/CL6/07 (CL6/07) and A/duck/Egypt/D2br10/07 (D2br10/07) of highly pathogenic avian influenza virus (HPAI) H5N1 isolated at the beginning of 2007 outbreak in Egypt were determined and compared with all Egyptian HPAI H5N1 sequences available in the GenBank. Sequence analysis utilizing the RNA from the original tissue homogenate showed amino acid substitutions in seven of the viral segments in both samples. Interestingly, these changes were different between the CL6/07 and D2br10/07 when compared to other Egyptian isolates. Moreover, phylogenetic analysis showed independent sub-clustering of the two viruses within the Egyptian sequences signifying a possible differential adaptation in the two hosts. Further, pre-amplification analysis of H5N1 might be necessary for accurate data interpretation and identification of distinct factor(s) influencing the evolution of the virus in different poultry species.
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影响因子：
1.2
作者：
Muramoto, Yukiko;Le, Thi Quynh Mai;Kawaoka, Yoshihiro
通讯作者：
Kawaoka, Yoshihiro
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Al-Azemi A;Bahl J;Al-Zenki S;Al-Shayji Y;Al-Amad S;Chen H;Guan Y;Peiris JS;Smith GJ
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10.1073/pnas.0511120103
发表时间：
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