The LncRNA Connectivity Map: Using LncRNA Signatures to Connect Small Molecules, LncRNAs, and Diseases.
The LncRNA Connectivity Map: Using LncRNA Signatures to Connect Small Molecules, LncRNAs, and Diseases.
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LncRNA 连接图：使用 LncRNA 特征连接小分子、LncRNA 和疾病
DOI：
10.1038/s41598-017-06897-3
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发表时间：
2017-07-27
影响因子：
4.6
通讯作者：
Li X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yang H;Shang D;Xu Y;Zhang C;Feng L;Sun Z;Shi X;Zhang Y;Han J;Su F;Li C;Li X
明确疾病、长链非编码rna （long non-coding rna, lncRNAs）与药物之间的联系，对于阐明lncRNAs在各种生物状态下的生物学机制中的关键作用具有重要意义。在这项研究中，我们构建了一个名为LNCmap （LncRNA Connectivity Map）的数据库，该数据库可在http://www.bio-bigdata.com/LNCmap/上获得，通过尝试用LncRNA特征描述所有生物状态来建立疾病、生理过程和小分子疗法作用之间的相关性。通过重新标注来自Connectivity Map数据库的微阵列数据，LNCmap获得了5916个实例的237个lncRNA签名，对应1262种小分子药物。我们提供了一个用户友好的界面，方便浏览、检索和下载数据库，包括详细的信息和药物的关联以及相应的受影响的lncrna。此外，我们开发了两种富集分析方法，通过输入相应的lncRNA表达谱或相关的lncRNA列表，然后将它们与我们数据库中的lncRNA签名进行比较，为用户识别特定疾病的候选药物。综上所述，lncrmap可以显著提高我们对lncrna生物学作用的认识，并为揭示药物、lncrna和疾病之间的联系提供了独特的资源。
Well characterized the connections among diseases, long non-coding RNAs (lncRNAs) and drugs are important for elucidating the key roles of lncRNAs in biological mechanisms in various biological states. In this study, we constructed a database called LNCmap (LncRNA Connectivity Map), available at http://www.bio-bigdata.com/LNCmap/, to establish the correlations among diseases, physiological processes, and the action of small molecule therapeutics by attempting to describe all biological states in terms of lncRNA signatures. By reannotating the microarray data from the Connectivity Map database, the LNCmap obtained 237 lncRNA signatures of 5916 instances corresponding to 1262 small molecular drugs. We provided a user-friendly interface for the convenient browsing, retrieval and download of the database, including detailed information and the associations of drugs and corresponding affected lncRNAs. Additionally, we developed two enrichment analysis methods for users to identify candidate drugs for a particular disease by inputting the corresponding lncRNA expression profiles or an associated lncRNA list and then comparing them to the lncRNA signatures in our database. Overall, LNCmap could significantly improve our understanding of the biological roles of lncRNAs and provide a unique resource to reveal the connections among drugs, lncRNAs and diseases.
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