Community Phylogenetics: Assessing Tree Reconstruction Methods and the Utility of DNA Barcodes.
Community Phylogenetics: Assessing Tree Reconstruction Methods and the Utility of DNA Barcodes.
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社区系统发育学：评估树木重建方法和DNA条形码的效用。
DOI：
10.1371/journal.pone.0126662
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Adamowicz SJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Boyle EE;Adamowicz SJ
研究系统发育的社区结构已经变得越来越普遍，但很少有人注意到的影响的输入系统发育的指标，描述系统发育模式的共生。在这里，我们研究的影响，分支长度，树重建方法，和数量的序列数据上的措施的系统发育群落结构，以及系统发育信号（Pagel的λ）的形态特征，使用毛翅目幼虫社区从丘吉尔，马尼托巴，加拿大。我们发现，基于模型的树重建方法和使用骨干家庭水平的系统发育，提高系统发育的社区结构的估计。此外，单独使用细胞色素c氧化酶亚基I（COI）的条形码区域构建的树准确地预测从多基因同源性获得的系统发育群落结构的度量。输入树没有改变系统发育信号得出的总体结论，因为在输入树中的两个体型性状中检测到显着的系统发育结构。随着社区遗传学学科的不断发展，研究准确估计模式的最佳方法非常重要。我们的研究结果表明，新兴的大型DNA条形码序列数据集为研究生物群落的结构提供了巨大的资源。
Studies examining phylogenetic community structure have become increasingly prevalent, yet little attention has been given to the influence of the input phylogeny on metrics that describe phylogenetic patterns of co-occurrence. Here, we examine the influence of branch length, tree reconstruction method, and amount of sequence data on measures of phylogenetic community structure, as well as the phylogenetic signal (Pagel’s λ) in morphological traits, using Trichoptera larval communities from Churchill, Manitoba, Canada. We find that model-based tree reconstruction methods and the use of a backbone family-level phylogeny improve estimations of phylogenetic community structure. In addition, trees built using the barcode region of cytochrome c oxidase subunit I (COI) alone accurately predict metrics of phylogenetic community structure obtained from a multi-gene phylogeny. Input tree did not alter overall conclusions drawn for phylogenetic signal, as significant phylogenetic structure was detected in two body size traits across input trees. As the discipline of community phylogenetics continues to expand, it is important to investigate the best approaches to accurately estimate patterns. Our results suggest that emerging large datasets of DNA barcode sequences provide a vast resource for studying the structure of biological communities.
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DOI：
10.1111/j.1471-8286.2006.01428.x
发表时间：
2006-12-01
期刊：
MOLECULAR ECOLOGY NOTES
影响因子：
--
作者：
Ivanova, Natalia V.;Dewaard, Jeremy R.;Hebert, Paul D. N.
通讯作者：
Hebert, Paul D. N.
DOI：
10.1073/pnas.0909820106
发表时间：
2009-11-03
影响因子：
11.1
作者：
Kress, W. John;Erickson, David L.;Bermingham, Eldredge
通讯作者：
Bermingham, Eldredge
影响因子：
2.9
作者：
Kraft, Nathan J. B.;Cornwell, William K.;Ackerly, David D.
通讯作者：
Ackerly, David D.
影响因子：
5.8
作者：
Kembel, Steven W.;Cowan, Peter D.;Webb, Campbell O.
通讯作者：
Webb, Campbell O.
影响因子：
3.9
作者：
Espeland, Marianne;Johanson, Kjell A.
通讯作者：
Johanson, Kjell A.