RAID v2.0: an updated resource of RNA-associated interactions across organisms.
RAID v2.0: an updated resource of RNA-associated interactions across organisms.
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DOI：
10.1093/nar/gkw1052
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发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wang D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yi Y;Zhao Y;Li C;Zhang L;Huang H;Li Y;Liu L;Hou P;Cui T;Tan P;Hu Y;Zhang T;Huang Y;Li X;Yu J;Wang D
随着生物技术和计算预测算法的发展，实验和计算预测rna相关相互作用的数量近年来迅速增长。然而，各种各样的rna相关相互作用分散在各种各样的资源和生物体中，而对各种rna相关相互作用的全面了解仍然无法用于任何物种。因此，我们通过在一个公共框架下整合人工阅读文献和其他数据库资源的实验和计算预测交互，将RAID数据库更新到2.0版本（RAID v2.0, www.rna-society.org/raid/）。RAID v2.0的新发展包括(i)超过850倍的rna相关相互作用，与之前的版本相比有所增强；（ii）与每个rna相关相互作用的实验或计算预测证据相结合的大量资源；（iii）基于综合置信度评分对每个rna相关相互作用进行可靠性评估；(4)物种盖度增加到60。因此，RAID v2.0招募了超过527万个RNA相关的相互作用，包括超过400万个RNA- RNA相互作用和超过120万个RNA-蛋白质相互作用，涉及60个物种的近13万个RNA/蛋白质符号。
With the development of biotechnologies and computational prediction algorithms, the number of experimental and computational prediction RNA-associated interactions has grown rapidly in recent years. However, diverse RNA-associated interactions are scattered over a wide variety of resources and organisms, whereas a fully comprehensive view of diverse RNA-associated interactions is still not available for any species. Hence, we have updated the RAID database to version 2.0 (RAID v2.0, www.rna-society.org/raid/) by integrating experimental and computational prediction interactions from manually reading literature and other database resources under one common framework. The new developments in RAID v2.0 include (i) over 850-fold RNA-associated interactions, an enhancement compared to the previous version; (ii) numerous resources integrated with experimental or computational prediction evidence for each RNA-associated interaction; (iii) a reliability assessment for each RNA-associated interaction based on an integrative confidence score; and (iv) an increase of species coverage to 60. Consequently, RAID v2.0 recruits more than 5.27 million RNA-associated interactions, including more than 4 million RNA–RNA interactions and more than 1.2 million RNA–protein interactions, referring to nearly 130 000 RNA/protein symbols across 60 species.
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