A Genome-Wide Association Study Identifies SNP Markers for Virulence in Magnaporthe oryzae Isolates from Sub-Saharan Africa
A Genome-Wide Association Study Identifies SNP Markers for Virulence in Magnaporthe oryzae Isolates from Sub-Saharan Africa
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一项全基因组关联研究鉴定了撒哈拉以南非洲地区稻瘟病菌毒力的 SNP 标记
DOI：
10.1101/418509
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ganeshan V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ganeshan V
真菌植物病原体稻瘟病菌在全世界范围内引起水稻和小米等谷物的稻瘟病。在这项研究中，我们评估了来自 9 个撒哈拉以南非洲 (SSA) 和其他主要水稻生产国的 160 个分离株的遗传多样性，并进行了全基因组关联研究 (GWAS)，以确定与 M. 毒力相关的基因组区域。米霉。分离株的 GBS 提供了大型且高质量的 617K 单核苷酸多态性 (SNP) 数据集。每种分离株的疾病评级是通过将它们接种到差异系和适应当地的水稻品种上来获得的。使用 GBS 数据集和 16 个疾病评级数据集进行全基因组关联研究。主成分分析 (PCA) 被用作群体结构分析的替代方法，用于根据基因型数据研究群体分层。在 6 项 GWA 分析中观察到疾病表型与 528 个 SNP 之间存在显着关联。确定包含重要 SNP 的序列同源性以预测基因身份和功能。六次 GWA 分析中重复出现了 17 个基因，表明与毒力密切相关。这里列出了与重要 SNP 相关的推定基因/基因组区域。
The fungal phytopathogenMagnaporthe oryzaecauses blast disease in cereals such as rice and finger millet worldwide. In this study, we assessed genetic diversity of 160 isolates from nine sub-Saharan Africa (SSA) and other principal rice producing countries and conducted a genome-wide association study (GWAS) to identify the genomic regions associated with virulence ofM. oryzae. GBS of isolates provided a large and high-quality 617K single nucleotide polymorphism (SNP) dataset. Disease ratings for each isolate was obtained by inoculating them onto differential lines and locally-adapted rice cultivars. Genome-wide association studies were conducted using the GBS dataset and sixteen disease rating datasets. Principal Component Analysis (PCA) was used an alternative to population structure analysis for studying population stratification from genotypic data. A significant association between disease phenotype and 528 SNPs was observed in six GWA analyses. Homology of sequences encompassing the significant SNPs was determined to predict gene identities and functions. Seventeen genes recurred in six GWA analyses, suggesting a strong association with virulence. Here, the putative genes/genomic regions associated with the significant SNPs are presented.
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影响因子：
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作者：
A. Occhipinti
通讯作者：
A. Occhipinti
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通讯作者：
Thoma G
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作者：
Dalman K;Himmelstrand K;Olson Å;Lind M;Brandström-Durling M;Stenlid J
通讯作者：
Stenlid J
撒哈拉以南非洲预计将成为全球大米进口的领先者
DOI：
--
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
--
作者：
Getachew Nigatu;J. Hansen;N. Childs;R. Seeley
通讯作者：
R. Seeley
非洲水稻品种基于测序的基因分型遗传分析和非洲稻瘟病群体稻瘟病抗性基因的关联作图。
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作者：
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Mgonja EM