A genome-wide association study identifies genomic regions for virulence in the non-model organism Heterobasidion annosum s.s.
A genome-wide association study identifies genomic regions for virulence in the non-model organism Heterobasidion annosum s.s.
复制标题
DOI：
10.1371/journal.pone.0053525
复制
发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Stenlid J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dalman K;Himmelstrand K;Olson Å;Lind M;Brandström-Durling M;Stenlid J
到目前为止，在非模式生物上建立和使用基因组广泛关联(GWA)研究所需的密集单核苷酸多态(SNP)面板的成本一直很高。为了克服这一点，我们使用了下一代测序方法来建立SNPs和确定基因类型。我们对一种真菌进行了GWA研究，分析了死亡营养病原菌Heterobasidion Annosum S.S.对其寄主云杉和樟子松的毒力。在23个单倍体分离物的33,018个单核苷酸多态中，分布在7个重叠群上的12个单核苷酸多态标记与毒力相关(P<；0.0001)。其中四个重叠群含有来自其他真菌病原体的已知毒力基因，其余三个含有新的候选基因。两个重叠群与以前通过QTL定位识别的毒力区域紧密连锁，这些QTL定位于同属杂交种H.irulare×H.ocicientale。我们的研究表明，GWA研究对于解剖具有小基因组的非模式单倍体生物的小种群的重要复杂特征是有效的。
The dense single nucleotide polymorphisms (SNP) panels needed for genome wide association (GWA) studies have hitherto been expensive to establish and use on non-model organisms. To overcome this, we used a next generation sequencing approach to both establish SNPs and to determine genotypes. We conducted a GWA study on a fungal species, analysing the virulence of Heterobasidion annosum s.s., a necrotrophic pathogen, on its hosts Picea abies and Pinus sylvestris. From a set of 33,018 single nucleotide polymorphisms (SNP) in 23 haploid isolates, twelve SNP markers distributed on seven contigs were associated with virulence (P<0.0001). Four of the contigs harbour known virulence genes from other fungal pathogens and the remaining three harbour novel candidate genes. Two contigs link closely to virulence regions recognized previously by QTL mapping in the congeneric hybrid H. irregulare × H. occidentale. Our study demonstrates the efficiency of GWA studies for dissecting important complex traits of small populations of non-model haploid organisms with small genomes.
登录
查看更多内容
影响因子：
2.5
作者：
Kim, Jung-Eun;Myong, Kilseon;Lee, Yin-Won
通讯作者：
Lee, Yin-Won
影响因子：
5.8
作者：
Bradbury, Peter J.;Zhang, Zhiwu;Buckler, Edward S.
通讯作者：
Buckler, Edward S.
影响因子：
3.2
作者：
Cumagun, CJR;Bowden, RL;Miedaner, T
通讯作者：
Miedaner, T
拟南芥中全基因组的关联映射确定了先前已知的开花时间和病原体抗性基因。
影响因子：
4.5
作者：
Aranzana MJ;Kim S;Zhao K;Bakker E;Horton M;Jakob K;Lister C;Molitor J;Shindo C;Tang C;Toomajian C;Traw B;Zheng H;Bergelson J;Dean C;Marjoram P;Nordborg M
通讯作者：
Nordborg M
影响因子：
3.5
作者：
Egan, John D.;Garcia-Pedrajas, Maria D.;Gold, Scott E.
通讯作者：
Gold, Scott E.