CompoDynamics: a comprehensive database for characterizing sequence composition dynamics.
CompoDynamics: a comprehensive database for characterizing sequence composition dynamics.
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CompoDynamics：用于表征序列组成动力学的综合数据库
DOI：
10.1093/nar/gkab979
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发表时间：
2022-01-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhang Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jiang S;Du Q;Feng C;Ma L;Zhang Z
核酸和蛋白质的序列组成对基因表达、RNA稳定性、翻译效率、RNA/蛋白质结构和分子功能具有显著影响，并且与所有生命王国的基因组进化和适应相关。因此，序列组成和相关特征的专用资源对于广泛的生物学研究至关重要。在这里，我们介绍了CompoDynamics（https：//ngdc.cncb.ac.cn/compodynamics/），这是一个关于所有物种的编码序列（CDS）和基因组序列组成的综合数据库。利用RefSeq数据的指数增长，CompoDynamics为24 995个物种的118 689 747个高质量CDS和34 562个基因组提供了丰富的序列组成（核苷酸含量，密码子使用，氨基酸使用）和衍生特征（编码潜力，理化性质和相分离）。此外，还提供了交互式分析工具，以便能够对不同物种和基因组的序列组成和分子特征进行比较分析。总的来说，CompoDynamics具有更好地了解基因和基因组序列组成动态的潜在作用的巨大潜力，为支持广泛的生物学研究提供了基础资源。
Sequence compositions of nucleic acids and proteins have significant impact on gene expression, RNA stability, translation efficiency, RNA/protein structure and molecular function, and are associated with genome evolution and adaptation across all kingdoms of life. Therefore, a devoted resource of sequence compositions and associated features is fundamentally crucial for a wide range of biological research. Here, we present CompoDynamics (https://ngdc.cncb.ac.cn/compodynamics/), a comprehensive database of sequence compositions of coding sequences (CDSs) and genomes for all kinds of species. Taking advantage of the exponential growth of RefSeq data, CompoDynamics presents a wealth of sequence compositions (nucleotide content, codon usage, amino acid usage) and derived features (coding potential, physicochemical property and phase separation) for 118 689 747 high-quality CDSs and 34 562 genomes across 24 995 species. Additionally, interactive analytical tools are provided to enable comparative analyses of sequence compositions and molecular features across different species and gene groups. Collectively, CompoDynamics bears the great potential to better understand the underlying roles of sequence composition dynamics across genes and genomes, providing a fundamental resource in support of a broad spectrum of biological studies.
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