A format for phylogenetic placements.
A format for phylogenetic placements.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0031009
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Stamatakis A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Matsen FA;Hoffman NG;Gallagher A;Stamatakis A
我们开发了一种统一的系统发育布局格式，即将环境序列数据（例如短读）映射到系统发育树中。我们这样做的动机是越来越多的计算和后处理系统发育位置的工具，以及缺乏存储它们的既定标准。该格式是轻量级的、通用的、可扩展的，并且基于 JSON 格式，可以被大多数现代编程语言解析。我们的格式已经在多种用于计算和后处理简约和基于可能性的系统发育放置的工具中实现，并且在实践中效果良好。我们相信，在这个早期阶段建立用于分析读段布局的标准格式将有助于更有效地开发强大且便携的后分析工具，以适应系统发育布局不断增长的应用。
We have developed a unified format for phylogenetic placements, that is, mappings of environmental sequence data (e.g., short reads) into a phylogenetic tree. We are motivated to do so by the growing number of tools for computing and post-processing phylogenetic placements, and the lack of an established standard for storing them. The format is lightweight, versatile, extensible, and is based on the JSON format, which can be parsed by most modern programming languages. Our format is already implemented in several tools for computing and post-processing parsimony- and likelihood-based phylogenetic placements and has worked well in practice. We believe that establishing a standard format for analyzing read placements at this early stage will lead to a more efficient development of powerful and portable post-analysis tools for the growing applications of phylogenetic placement.
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影响因子：
12.3
作者：
Wu M;Eisen JA
通讯作者：
Eisen JA
影响因子：
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作者：
Pirrung, Meg;Kennedy, Ryan;Knight, Rob
通讯作者：
Knight, Rob
影响因子：
56.9
作者：
von Mering, C.;Hugenholtz, P.;Bork, P.
通讯作者：
Bork, P.
mltreemap-可准确地将环境DNA序列放置在分类学和功能参考系统发育中。
影响因子：
4.4
作者：
Stark M;Berger SA;Stamatakis A;von Mering C
通讯作者：
von Mering C
DOI：
10.2307/2412407
发表时间：
1969-01-01
期刊：
SYSTEMATIC ZOOLOGY
影响因子：
--
作者：
KLUGE, AG;FARRIS, JS
通讯作者：
FARRIS, JS