InterPro in 2019: improving coverage, classification and access to protein sequence annotations.
InterPro in 2019: improving coverage, classification and access to protein sequence annotations.
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DOI：
10.1093/nar/gky1100
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发表时间：
2019-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Finn RD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mitchell AL;Attwood TK;Babbitt PC;Blum M;Bork P;Bridge A;Brown SD;Chang HY;El-Gebali S;Fraser MI;Gough J;Haft DR;Huang H;Letunic I;Lopez R;Luciani A;Madeira F;Marchler-Bauer A;Mi H;Natale DA;Necci M;Nuka G;Orengo C;Pandurangan AP;Paysan-Lafosse T;Pesseat S;Potter SC;Qureshi MA;Rawlings ND;Redaschi N;Richardson LJ;Rivoire C;Salazar GA;Sangrador-Vegas A;Sigrist CJA;Sillitoe I;Sutton GG;Thanki N;Thomas PD;Tosatto SCE;Yong SY;Finn RD
InterPro数据库（http：//www.ebi.ac.uk/interpro/）将蛋白质序列分类为家族，并预测功能重要结构域和位点的存在。在这里，我们报告了InterPro（70.0版）及其相关软件的最新发展，包括数据库规模增长了18%，包括新的InterPro条目，内容更新，包含额外的条目类型，不连续域的精细建模，以及新的编程界面和网站的开发。这些发展扩展和丰富了InterPro提供的信息，并在数据访问方面提供了更大的灵活性。我们还表明，InterPro的序列覆盖率跟上了UniProtKB的增长，并讨论我们的残基覆盖率的评估可能有助于指导未来的策展活动。
The InterPro database (http://www.ebi.ac.uk/interpro/) classifies protein sequences into families and predicts the presence of functionally important domains and sites. Here, we report recent developments with InterPro (version 70.0) and its associated software, including an 18% growth in the size of the database in terms on new InterPro entries, updates to content, the inclusion of an additional entry type, refined modelling of discontinuous domains, and the development of a new programmatic interface and website. These developments extend and enrich the information provided by InterPro, and provide greater flexibility in terms of data access. We also show that InterPro's sequence coverage has kept pace with the growth of UniProtKB, and discuss how our evaluation of residue coverage may help guide future curation activities.
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影响因子：
14.9
作者：
Haft DH;Selengut JD;Richter RA;Harkins D;Basu MK;Beck E
通讯作者：
Beck E
DOI：
10.1093/database/bas019
发表时间：
2012
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Attwood TK;Coletta A;Muirhead G;Pavlopoulou A;Philippou PB;Popov I;Romá-Mateo C;Theodosiou A;Mitchell AL
通讯作者：
Mitchell AL
影响因子：
14.9
作者：
Mir S;Alhroub Y;Anyango S;Armstrong DR;Berrisford JM;Clark AR;Conroy MJ;Dana JM;Deshpande M;Gupta D;Gutmanas A;Haslam P;Mak L;Mukhopadhyay A;Nadzirin N;Paysan-Lafosse T;Sehnal D;Sen S;Smart OS;Varadi M;Kleywegt GJ;Velankar S
通讯作者：
Velankar S
影响因子：
4.3
作者：
Huson DH;Beier S;Flade I;Górska A;El-Hadidi M;Mitra S;Ruscheweyh HJ;Tappu R
通讯作者：
Tappu R
影响因子：
8
作者：
Necci, Marco;Piovesan, Damiano;Tosatto, Silvio C. E.
通讯作者：
Tosatto, Silvio C. E.