Positive Selection of ORF1ab, ORF3a, and ORF8 Genes Drives the Early Evolutionary Trends of SARS-CoV-2 During the 2020 COVID-19 Pandemic.
Positive Selection of ORF1ab, ORF3a, and ORF8 Genes Drives the Early Evolutionary Trends of SARS-CoV-2 During the 2020 COVID-19 Pandemic.
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DOI：
10.3389/fmicb.2020.550674
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发表时间：
2020
影响因子：
5.2
通讯作者：
Borca MV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Velazquez-Salinas L;Zarate S;Eberl S;Gladue DP;Novella I;Borca MV
在这项研究中，我们分析了来自多个国家的SARS-CoV-2全长基因组，以确定新型COVID-19大流行进化动态的早期趋势。结果表明，SARS-CoV-2在早期进化成至少3个系统发育群，其特征是在辅助蛋白ORF3a和ORF8的特定残基上存在正选择。此外，我们还报道了非结构蛋白nsp6和解旋酶的特定位点在正选择下的潜在相关位点。我们对共同进化的分析显示了基因组中位点之间的上位性相互作用的证据，这可能对适应人类的变异的产生很重要。这些观察结果可能不仅影响公共卫生，而且还表明需要进行更多的研究，以了解可能影响治疗和预防工具（如抗病毒药物和疫苗）开发的遗传机制。总的来说，我们的结果强调了即使在大流行前3个月收集的保守序列的情况下，也确定了正在进行的选择。
In this study, we analyzed full-length SARS-CoV-2 genomes from multiple countries to determine early trends in the evolutionary dynamics of the novel COVID-19 pandemic. Results indicated SARS-CoV-2 evolved early into at least three phylogenetic groups, characterized by positive selection at specific residues of the accessory proteins ORF3a and ORF8. Also, we are reporting potential relevant sites under positive selection at specific sites of non-structural proteins nsp6 and helicase. Our analysis of co-evolution showed evidence of epistatic interactions among sites in the genome that may be important in the generation of variants adapted to humans. These observations might impact not only public health but also suggest that more studies are needed to understand the genetic mechanisms that may affect the development of therapeutic and preventive tools, like antivirals and vaccines. Collectively, our results highlight the identification of ongoing selection even in a scenario of conserved sequences collected over the first 3 months of this pandemic.
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DOI：
10.1073/pnas.89.22.10915
发表时间：
1992-11-15
影响因子：
11.1
作者：
HENIKOFF, S;HENIKOFF, JG
通讯作者：
HENIKOFF, JG
影响因子：
5.8
作者：
Pond, Sergei L. Kosakovsky;Posada, David;Frost, Simon D. W.
通讯作者：
Frost, Simon D. W.
影响因子：
28.3
作者：
Gorbalenya, Alexander E.;Baker, Susan C.;Ziebuhr, John
通讯作者：
Ziebuhr, John
影响因子：
10.7
作者：
Murrell, Ben;Moola, Sasha;Scheffler, Konrad
通讯作者：
Scheffler, Konrad
DOI：
10.3390/v4112902
发表时间：
2012-11-07
期刊：
Viruses
影响因子：
--
作者：
McBride R;Fielding BC
通讯作者：
Fielding BC