An overview of the PubChem BioAssay resource.
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DOI：
10.1093/nar/gkp965
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发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bryant SH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang Y;Bolton E;Dracheva S;Karapetyan K;Shoemaker BA;Suzek TO;Wang J;Xiao J;Zhang J;Bryant SH
PubChem生物分析数据库(http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov))是由美国国立卫生研究院(NIH)托管的小分子和小干扰RNA(SiRNA)生物活性的公共储存库。它将化验和生物测试结果的实验描述存档，并向公众免费提供信息。PubChem生物化验数据条目包括化验描述、摘要和详细的测试结果。每个化验记录都尽可能与分子靶标相联系，并与国家生物技术信息中心(NCBI)的其他数据库记录交叉引用。“相关生物检测”是通过检测常用测试化合物的检测靶标关系和活性图谱来确定的。PubChem生物检测的一个关键目标是通过NCBI信息检索系统Entrez和各种基于Web的PubChem服务来轻松获取生物活性信息。一套集成的数据分析工具可用于优化PubChem内化学结构和生物活性信息的效用，使研究人员能够汇总、比较和分析由多个组织贡献的生物测试结果。在这项工作中，我们描述了PubChem生物测定数据库，包括数据模型、生物测定存储以及PubChem提供的用于搜索、下载和分析其中包含的生物活性信息的工具。
The PubChem BioAssay database (http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov) is a public repository for biological activities of small molecules and small interfering RNAs (siRNAs) hosted by the US National Institutes of Health (NIH). It archives experimental descriptions of assays and biological test results and makes the information freely accessible to the public. A PubChem BioAssay data entry includes an assay description, a summary and detailed test results. Each assay record is linked to the molecular target, whenever possible, and is cross-referenced to other National Center for Biotechnology Information (NCBI) database records. ‘Related BioAssays’ are identified by examining the assay target relationship and activity profile of commonly tested compounds. A key goal of PubChem BioAssay is to make the biological activity information easily accessible through the NCBI information retrieval system-Entrez, and various web-based PubChem services. An integrated suite of data analysis tools are available to optimize the utility of the chemical structure and biological activity information within PubChem, enabling researchers to aggregate, compare and analyze biological test results contributed by multiple organizations. In this work, we describe the PubChem BioAssay database, including data model, bioassay deposition and utilities that PubChem provides for searching, downloading and analyzing the biological activity information contained therein.
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影响因子：
14.9
作者：
Harmar AJ;Hills RA;Rosser EM;Jones M;Buneman OP;Dunbar DR;Greenhill SD;Hale VA;Sharman JL;Bonner TI;Catterall WA;Davenport AP;Delagrange P;Dollery CT;Foord SM;Gutman GA;Laudet V;Neubig RR;Ohlstein EH;Olsen RW;Peters J;Pin JP;Ruffolo RR;Searls DB;Wright MW;Spedding M
通讯作者：
Spedding M
影响因子：
2.6
作者：
Zerhouni, Elias A.
通讯作者：
Zerhouni, Elias A.
影响因子：
14.9
作者：
Marchler-Bauer A;Anderson JB;Chitsaz F;Derbyshire MK;DeWeese-Scott C;Fong JH;Geer LY;Geer RC;Gonzales NR;Gwadz M;He S;Hurwitz DI;Jackson JD;Ke Z;Lanczycki CJ;Liebert CA;Liu C;Lu F;Lu S;Marchler GH;Mullokandov M;Song JS;Tasneem A;Thanki N;Yamashita RA;Zhang D;Zhang N;Bryant SH
通讯作者：
Bryant SH
影响因子：
2.9
作者：
Zaharevitz, DW;Holbeck, SL;Svetlik, PA
通讯作者：
Svetlik, PA
影响因子：
14.9
作者：
Sayers EW;Barrett T;Benson DA;Bryant SH;Canese K;Chetvernin V;Church DM;DiCuccio M;Edgar R;Federhen S;Feolo M;Geer LY;Helmberg W;Kapustin Y;Landsman D;Lipman DJ;Madden TL;Maglott DR;Miller V;Mizrachi I;Ostell J;Pruitt KD;Schuler GD;Sequeira E;Sherry ST;Shumway M;Sirotkin K;Souvorov A;Starchenko G;Tatusova TA;Wagner L;Yaschenko E;Ye J
通讯作者：
Ye J