Analysis of long non-coding RNAs produced by a specialized RNA polymerase in Arabidopsis thaliana.
Analysis of long non-coding RNAs produced by a specialized RNA polymerase in Arabidopsis thaliana.
复制标题
拟南芥中专用RNA聚合酶产生的长期非编码RNA的分析。
DOI：
10.1016/j.ymeth.2013.05.006
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发表时间：
2013-09-15
期刊：
影响因子：
4.8
通讯作者：
Wierzbicki, Andrzej T.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rowley, M. Jordan;Boehmdorfer, Gudrun;Wierzbicki, Andrzej T.
长链非编码RNA（lncRNA）在包括基因表达调控在内的多个过程中发挥重要作用。在拟南芥中，一类lncRNA由专门的RNA聚合酶V（Pol V）产生，其通过转录基因沉默参与控制基因组活性。已经提出由Pol V产生的lncRNA用作结合几种沉默因子的支架，所述沉默因子进一步介导抑制性染色质修饰的建立。我们提出了用于发现和表征由Pol V产生的lncRNA的方法。染色质免疫沉淀结合深度测序（ChIP-seq）允许以依赖于Pol V或由Pol V产生的转录物的方式发现由蛋白质结合的基因组区域。RNA免疫沉淀（RIP）允许在鉴定的位点测试lncRNA-蛋白质相互作用。最后，实时RT-PCR允许从总RNA检测低丰度Pol V转录物。这些方法可以更广泛地应用于发现和表征由不同RNA聚合酶产生的RNA。
Long non-coding RNAs (lncRNAs) play important roles in several processes including control of gene expression. In Arabidopsis thaliana, a class of lncRNAs is produced by a specialized RNA Polymerase V (Pol V), which is involved in controlling genome activity by transcriptional gene silencing. lncRNAs produced by Pol V have been proposed to serve as scaffolds for binding of several silencing factors which further mediate the establishment of repressive chromatin modifications. We present methods for discovery and characterization of lncRNAs produced by Pol V. Chromatin Immunoprecipitation coupled with deep sequencing (ChIP-seq) allows discovery of genomic regions bound by proteins in a manner dependent on either Pol V or transcripts produced by Pol V. RNA Immunoprecipitation (RIP) allows testing lncRNA-protein interactions at identified loci. Finally, real-time RT-PCR allows detection of low abundance Pol V transcripts from total RNA. These methods may be more broadly applied to discovery and characterization of RNAs produced by distinct RNA Polymerases.
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DOI：
10.1006/meth.1999.0879
发表时间：
1999-11-01
期刊：
METHODS-A COMPANION TO METHODS IN ENZYMOLOGY
影响因子：
--
作者：
Kuo, MH;Allis, CD
通讯作者：
Allis, CD
DOI：
10.1111/tpj.12034
发表时间：
2013-01
期刊：
The Plant journal : for cell and molecular biology
影响因子：
--
作者：
Zheng Q;Rowley MJ;Böhmdorfer G;Sandhu D;Gregory BD;Wierzbicki AT
通讯作者：
Wierzbicki AT
快速染色质免疫沉淀测定法。
影响因子：
14.9
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1038/nrg2719
发表时间：
2010-03
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
5.1
作者：
Muiño JM;Kaufmann K;van Ham RC;Angenent GC;Krajewski P
通讯作者：
Krajewski P