CapR: revealing structural specificities of RNA-binding protein target recognition using CLIP-seq data.
CapR: revealing structural specificities of RNA-binding protein target recognition using CLIP-seq data.
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DOI：
10.1186/gb-2014-15-1-r16
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发表时间：
2014-01-21
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Kiryu H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fukunaga T;Ozaki H;Terai G;Asai K;Iwasaki W;Kiryu H
RNA结合蛋白（rbp）通过识别特定的RNA序列和结构背景与目标RNA分子结合。CLIP-seq和相关协议的发展使得详尽地鉴定与rbp结合的RNA片段成为可能。然而，目前还没有有效的生物信息学方法来利用这些数据揭示RBP-RNA相互作用的结构特异性。我们提出CapR，一种有效的算法，计算每个RNA碱基位置位于每个二级结构上下文中的概率。利用CapR，我们证明了几种rbp在特定的结构背景下与它们的靶RNA分子结合。CapR的网址是https://sites.google.com/site/fukunagatsu/software/capr。
RNA-binding proteins (RBPs) bind to their target RNA molecules by recognizing specific RNA sequences and structural contexts. The development of CLIP-seq and related protocols has made it possible to exhaustively identify RNA fragments that bind to RBPs. However, no efficient bioinformatics method exists to reveal the structural specificities of RBP–RNA interactions using these data. We present CapR, an efficient algorithm that calculates the probability that each RNA base position is located within each secondary structural context. Using CapR, we demonstrate that several RBPs bind to their target RNA molecules under specific structural contexts. CapR is available at https://sites.google.com/site/fukunagatsu/software/capr.
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影响因子：
14.9
作者：
Anders G;Mackowiak SD;Jens M;Maaskola J;Kuntzagk A;Rajewsky N;Landthaler M;Dieterich C
通讯作者：
Dieterich C
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp250
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darty K;Denise A;Ponty Y
通讯作者：
Ponty Y
影响因子：
64.5
作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
影响因子：
14.9
作者：
Cook KB;Kazan H;Zuberi K;Morris Q;Hughes TR
通讯作者：
Hughes TR
影响因子：
64.5
作者：
Lewis, HA;Musunuru, K;Burley, SK
通讯作者：
Burley, SK