Identification of malaria parasite-infected red blood cell surface aptamers by inertial microfluidic SELEX (I-SELEX).
Identification of malaria parasite-infected red blood cell surface aptamers by inertial microfluidic SELEX (I-SELEX).
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DOI：
10.1038/srep11347
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发表时间：
2015-07-01
影响因子：
4.6
通讯作者：
Niles JC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Birch CM;Hou HW;Han J;Niles JC
恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）通过将寄生虫合成的蛋白质运输到红细胞（RBC）表面，侵入并重塑RBC。虽然这些蛋白质介导与宿主细胞的相互作用，有助于疾病的发病机制，感染的RBC表面蛋白质组仍然很难确定。在这里，我们使用一种新的策略（I-SELEX）来发现高亲和力的适体，选择性地识别寄生虫感染的红细胞上独特存在的不同表位。基于螺旋微流体通道中的惯性聚焦，I-SELEX能够以高通量（约2 × 106个细胞min−1）从未结合的寡核苷酸中严格分离细胞（效率≥ 106）。使用RBC模型显示一个单一的，非天然的抗原和活的疟原虫感染的RBC作为目标，我们建立了从头适体选择这种策略的适用性。我们证明了一组不同的适配体，识别不同的，表面展示的表位寄生虫感染的红细胞与纳摩尔亲和力，包括对负责胎盘隔离，var 2CSA的蛋白质的适配体的恢复。这些发现验证了I-SELEX作为一个广泛适用的适体发现平台，能够识别用于以更高分子分辨率绘制寄生虫感染的RBC表面蛋白质组的新试剂，从而可能有助于疟疾诊断，治疗和疫苗工作。
Plasmodium falciparum malaria parasites invade and remodel human red blood cells (RBCs) by trafficking parasite-synthesized proteins to the RBC surface. While these proteins mediate interactions with host cells that contribute to disease pathogenesis, the infected RBC surface proteome remains poorly characterized. Here we use a novel strategy (I-SELEX) to discover high affinity aptamers that selectively recognize distinct epitopes uniquely present on parasite-infected RBCs. Based on inertial focusing in spiral microfluidic channels, I-SELEX enables stringent partitioning of cells (efficiency ≥ 106) from unbound oligonucleotides at high volume throughput (~2 × 106 cells min−1). Using an RBC model displaying a single, non-native antigen and live malaria parasite-infected RBCs as targets, we establish suitability of this strategy for de novo aptamer selections. We demonstrate recovery of a diverse set of aptamers that recognize distinct, surface-displayed epitopes on parasite-infected RBCs with nanomolar affinity, including an aptamer against the protein responsible for placental sequestration, var2CSA. These findings validate I-SELEX as a broadly applicable aptamer discovery platform that enables identification of new reagents for mapping the parasite-infected RBC surface proteome at higher molecular resolution to potentially contribute to malaria diagnostics, therapeutics and vaccine efforts.
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新PNEP的识别表明，在恶性疟原虫蛋白蛋白质出口中，非二氧醇的大量导出和基础。
影响因子：
6.7
作者：
Heiber A;Kruse F;Pick C;Grüring C;Flemming S;Oberli A;Schoeler H;Retzlaff S;Mesén-Ramírez P;Hiss JA;Kadekoppala M;Hecht L;Holder AA;Gilberger TW;Spielmann T
通讯作者：
Spielmann T
DOI：
10.1073/pnas.1120455109
发表时间：
2012-06-26
影响因子：
11.1
作者：
Lavstsen, Thomas;Turner, Louise;Theander, Thor G.
通讯作者：
Theander, Thor G.
影响因子：
56.9
作者：
Fried, M;Duffy, PE
通讯作者：
Duffy, PE
影响因子：
6.1
作者：
Kuntaegowdanahalli, Sathyakumar S.;Bhagat, Ali Asgar S.;Papautsky, Ian
通讯作者：
Papautsky, Ian
影响因子：
7.4
作者：
Di Carlo, Dino;Edd, Jon F.;Toner, Mehmet
通讯作者：
Toner, Mehmet