A high-resolution radiation hybrid map of rhesus macaque chromosome 5 identifies rearrangements in the genome assembly.
A high-resolution radiation hybrid map of rhesus macaque chromosome 5 identifies rearrangements in the genome assembly.
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DOI：
10.1016/j.ygeno.2008.05.013
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发表时间：
2008-10
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Lyons, Leslie A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Karere, Genesio M.;Froenicke, Lutz;Millon, Lee;Womack, James E.;Lyons, Leslie A.
建立了恒河猴1万rad辐射杂交细胞面板，构建了5号染色体的全面RH图谱。该图谱代表185个RH克隆的218个标记。全长4846 cR的图谱平均标记间距为798 kb。RH图谱与猕猴和人类基因组序列的比对证实了一个大的倒置，并揭示了一个以前未报道的端粒倒置。猕猴基因组序列表明，猕猴5号染色体的祖先同源物向1号和6号染色体发生了小的易位。RH图显示这些可能是组装工件。与基因组序列不同，RH作图数据表明猕猴5号染色体与人类4号染色体之间存在同源性。本研究表明，10,000 rad的面板适合生成高分辨率的全基因组RH图，适合验证恒河猴基因组组装。
A 10,000-rad radiation hybrid cell panel of the rhesus macaque was generated to construct a comprehensive RH map of chromosome 5. The map represents 218 markers typed in 185 RH clones. The 4,846 cR length map has an average marker spacing of 798 kb. Alignments of the RH map to macaque and human genome sequences confirm a large inversion and reveal a previously unreported telomeric inversion. The macaque genome sequence indicates small translocations from the ancestral homolog of macaque chromosome 5 to macaque chromosome 1 and 6. The RH map suggests that these are likely assembly artifacts. Unlike the genome sequence, the RH mapping data indicate the conservation of synteny between macaque chromosome 5 and human chromosome 4. This study shows that the 10,000-rad panel is appropriate for the generation of a high-resolution whole genome RH map suitable for the verification of the rhesus genome assembly.
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