SeATAC: a tool for exploring the chromatin landscape and the role of pioneer factors.
SeATAC: a tool for exploring the chromatin landscape and the role of pioneer factors.
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DOI：
10.1186/s13059-023-02954-5
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发表时间：
2023-05-22
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Garry, Daniel J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gong, Wuming;Dsouza, Nikita;Garry, Daniel J.
转座酶可接近染色质测序（ATAC - seq）揭示了整个基因组的染色质可接近性。目前，没有方法能专门检测差异染色质可接近性。在此，SeATAC使用条件变分自动编码器模型来学习ATAC - seq V图的潜在表征，并且在六个独立任务上优于MACS2和NucleoATAC。将SeATAC应用于几个先锋因子诱导的分化或重编程ATAC - seq数据集表明，这些因子的诱导不仅使封闭的染色质变得松散，还使它们20% - 30%的靶位点的染色质可接近性降低。SeATAC是一种从ATAC - seq数据中准确揭示具有差异染色质可接近性的基因组区域的新型工具。
在线版本包含补充材料，可在10.1186/s13059 - 023 - 02954 - 5获取。
Assay for Transposase-Accessible Chromatin with sequencing (ATAC-seq) reveals chromatin accessibility across the genome. Currently, no method specifically detects differential chromatin accessibility. Here, SeATAC uses a conditional variational autoencoder model to learn the latent representation of ATAC-seq V-plots and outperforms MACS2 and NucleoATAC on six separate tasks. Applying SeATAC to several pioneer factor-induced differentiation or reprogramming ATAC-seq datasets suggests that induction of these factors not only relaxes the closed chromatin but also decreases chromatin accessibility of 20% to 30% of their target sites. SeATAC is a novel tool to accurately reveal genomic regions with differential chromatin accessibility from ATAC-seq data. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-023-02954-5.
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影响因子：
12.3
作者：
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Khavari PA
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作者：
Corces, M. Ryan;Buenrostro, Jason D.;Wu, Beijing;Greenside, Peyton G.;Chan, Steven M.;Koenig, Julie L.;Snyder, Michael P.;Pritchard, Jonathan K.;Kundaje, Anshul;Gkeenleaf, William J.;Majeti, Ravindra;Chang, Howard Y.
通讯作者：
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