Robust prediction of response to immune checkpoint blockade therapy in metastatic melanoma.
Robust prediction of response to immune checkpoint blockade therapy in metastatic melanoma.
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DOI：
10.1038/s41591-018-0157-9
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发表时间：
2018-10
期刊：
影响因子：
82.9
通讯作者：
Ruppin E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Auslander N;Zhang G;Lee JS;Frederick DT;Miao B;Moll T;Tian T;Wei Z;Madan S;Sullivan RJ;Boland G;Flaherty K;Herlyn M;Ruppin E
免疫检查点阻断（ICB）治疗提供了显着的临床收益，其中黑色素瘤处于其成功的最前沿。然而，目前只有一部分晚期肿瘤患者受益于这些疗法，这些疗法有时会产生相当大的副作用和成本。由于免疫应答的复杂性和包括组学和应答数据的大型ICB治疗患者队列的短缺，构建患者应答的预测因子仍然是一个严峻的挑战。在这里，我们建立了IMPRES，这是黑色素瘤中ICB反应的预测因子，它包括免疫检查点基因之间的15个成对转录组学关系。它基于两个关键的假设：（a）强调神经母细胞瘤自发消退的免疫机制可以预测黑色素瘤中的IC B反应，以及（B）关键的免疫相互作用可以通过免疫检查点基因表达的特定成对关系来捕获。IMPRES在9个已发表的数据集和一个新生成的数据集上进行了验证，其中31名患者接受了抗PD-1治疗，10名患者接受了抗CTLA-4治疗，共涵盖297个样本。它实现了AUC=0.83的总体准确性，优于现有的预测器，捕获了几乎所有真正的应答者，同时错误分类了不到一半的非应答者。未来的研究是必要的，以确定这里提出的方法在其他癌症类型的价值。报告摘要可用。
Immune checkpoint blockade (ICB) therapy provides remarkable clinical gains, where melanoma is at the forefront of its success. However, only a subset of patients with advanced tumors currently benefit from these therapies, which at times incur considerable side-effects and costs. Constructing predictors of patient’s response has remained a serious challenge due to the complexity of the immune response and the shortage of large ICB-treated patient cohorts including both omics and response data. Here we build IMPRES, a predictor of ICB-response in melanoma which encompasses 15 pairwise transcriptomics relations between immune checkpoint genes. It is based on two key conjectures: (a) immune mechanisms underlining spontaneous regression in neuroblastoma can predict ICB response in melanoma, and (b) key immune interactions can be captured via specific pairwise relations of immune checkpoint genes’ expression. IMPRES is validated on 9 published datasets and on a newly generated dataset with 31 patients treated with anti-PD-1 and 10 with anti-CTLA-4, spanning 297 samples in total. It achieves an overall accuracy of AUC=0.83, outperforming existing predictors, capturing almost all true responders while misclassifying less than half of the non-responders. Future studies are warranted to determine the value of the approach presented here in other cancer types. Reporting Summary is available.
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影响因子：
7.3
作者：
Gao J;Aksoy BA;Dogrusoz U;Dresdner G;Gross B;Sumer SO;Sun Y;Jacobsen A;Sinha R;Larsson E;Cerami E;Sander C;Schultz N
通讯作者：
Schultz N
T细胞共刺激和共抑制的分子机制。
DOI：
10.1038/nri3405
发表时间：
2013-04
期刊：
Nature reviews. Immunology
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
28.2
作者：
Chen PL;Roh W;Reuben A;Cooper ZA;Spencer CN;Prieto PA;Miller JP;Bassett RL;Gopalakrishnan V;Wani K;De Macedo MP;Austin-Breneman JL;Jiang H;Chang Q;Reddy SM;Chen WS;Tetzlaff MT;Broaddus RJ;Davies MA;Gershenwald JE;Haydu L;Lazar AJ;Patel SP;Hwu P;Hwu WJ;Diab A;Glitza IC;Woodman SE;Vence LM;Wistuba II;Amaria RN;Kwong LN;Prieto V;Davis RE;Ma W;Overwijk WW;Sharpe AH;Hu J;Futreal PA;Blando J;Sharma P;Allison JP;Chin L;Wargo JA
通讯作者：
Wargo JA
影响因子：
30.8
作者：
Weinstein, John N.;Collisson, Eric A.;Mills, Gordon B.;Shaw, Kenna R. Mills;Ozenberger, Brad A.;Ellrott, Kyle;Shmulevich, Ilya;Sander, Chris;Stuart, Joshua M.
通讯作者：
Stuart, Joshua M.
影响因子：
3.8
作者：
Bramhall, R. J.;Mahady, K.;Peach, A. H. S.
通讯作者：
Peach, A. H. S.