A method to determine the duration of the eclipse phase for in vitro infection with a highly pathogenic SHIV strain.
A method to determine the duration of the eclipse phase for in vitro infection with a highly pathogenic SHIV strain.
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DOI：
10.1038/srep10371
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发表时间：
2015-05-21
影响因子：
4.6
通讯作者：
Iwami S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kakizoe Y;Nakaoka S;Beauchemin CA;Morita S;Mori H;Igarashi T;Aihara K;Miura T;Iwami S
成功的细胞感染和病毒开始产生之间所经过的时间称为“蚀相”阶段。其持续时间因每种病毒株而异，并且与有效的病毒生产率一起在感染动力学中发挥着关键作用。感染相同病毒株的细胞之间的遮蔽阶段如何变化，以及如何最好地以数学方式表示其持续时间尚不清楚。大多数数学模型要么忽略这个阶段，要么假设它呈指数分布，这样至少有一些细胞（如果不是全部）可以在感染后立即产生病毒。从生物学上来说，这是不现实的（必须允许翻译、转录、输出等发生），但如果日食阶段的持续时间在感染的时间尺度上可以忽略不计，那么这可能是合适的。然而，如果不是，忽略此延迟会影响数学模型、其参数估计和预测的准确性。在这里，我们介绍了一种新方法，包括精心设计的实验和简单的分析表达式，以确定体外日食阶段的持续时间和分布。我们发现SHIV-KS661的日食阶段平均持续一天并且符合Erlang分布。
The time elapsed between successful cell infection and the start of virus production is called the eclipse phase. Its duration is specific to each virus strain and, along with an effective virus production rate, plays a key role in infection kinetics. How the eclipse phase varies amongst cells infected with the same virus strain and therefore how best to mathematically represent its duration is not clear. Most mathematical models either neglect this phase or assume it is exponentially distributed, such that at least some if not all cells can produce virus immediately upon infection. Biologically, this is unrealistic (one must allow for the translation, transcription, export, etc. to take place), but could be appropriate if the duration of the eclipse phase is negligible on the time-scale of the infection. If it is not, however, ignoring this delay affects the accuracy of the mathematical model, its parameter estimates, and predictions. Here, we introduce a new approach, consisting in a carefully designed experiment and simple analytical expressions, to determine the duration and distribution of the eclipse phase in vitro. We find that the eclipse phase of SHIV-KS661 lasts on average one day and is consistent with an Erlang distribution.
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DOI：
10.1084/jem.190.6.841
发表时间：
1999-09-20
期刊：
The Journal of experimental medicine
影响因子：
--
作者：
Little SJ;McLean AR;Spina CA;Richman DD;Havlir DV
通讯作者：
Havlir DV
影响因子：
3.7
作者：
Kozyrev, IL;Ibuki, K;Miura, T
通讯作者：
Miura, T
影响因子：
5.2
作者：
Iwami S;Sato K;De Boer RJ;Aihara K;Miura T;Koyanagi Y
通讯作者：
Koyanagi Y
DOI：
10.1128/aem.16.4.588-594.1968
发表时间：
1968-01-01
期刊：
APPLIED MICROBIOLOGY
影响因子：
--
作者：
GAUSH, CR;SMITH, TF
通讯作者：
SMITH, TF
DOI：
10.1023/a:1021070512287
发表时间：
2001-11-01
期刊：
Somatic Cell and Molecular Genetics
影响因子：
--
作者：
Freed, Eric O.
通讯作者：
Freed, Eric O.