Disruption of the RNA exosome reveals the hidden face of the malaria parasite transcriptome.
Disruption of the RNA exosome reveals the hidden face of the malaria parasite transcriptome.
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RNA外泌体的破坏揭示了疟疾寄生虫转录组的隐藏面目
DOI：
10.1080/15476286.2018.1517014
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
4.1
通讯作者：
Zhang Q
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Droll D;Wei G;Guo G;Fan Y;Baumgarten S;Zhou Y;Xiao Y;Scherf A;Zhang Q
反义转录成为人类疟原虫恶性疟原虫重要生物过程的关键调节因子。然而，这种病原体的 RNA 加工因子的特征仍然很少。在这里，我们使用 HA 标记的 PfRrp4 和 PfDis3 作为配体，通过亲和层析纯化了疟疾寄生虫的多蛋白 RNA 外泌体复合物。通过质谱法鉴定了七个不同的核心外泌体亚基（PfRrp41、PfMtr3、PfRrp42、PfRrp45、PfRrp4、PfRrp40、PfCsl4）和两种外切核糖核酸酶蛋白 PfRrp6 和 PfDis3。蛋白质印迹分析检测到无性血液阶段发育期间主要存在于细胞质部分中的 Dis3 和 Rrp4。 PfDis3 亚基的诱导基因敲除揭示了结构和编码 RNA 的上调，但绝大多数属于反义 RNA。此外，我们还检测到多种与毒力基因家族相关的神秘不稳定转录本 (CUT)，包括 rif 基因家族中的反义 RNA。我们的工作强调了稳态 RNA 分析在预测转录活性以及将 RNA 监测机制与疟原虫转录后控制和基因表达直接联系起来方面的局限性。
Antisense transcription emerges as a key regulator of important biological processes in the human malaria parasite Plasmodium falciparum. RNA-processing factors, however, remain poorly characterized in this pathogen. Here, we purified the multiprotein RNA exosome complex of malaria parasites by affinity chromatography, using HA-tagged PfRrp4 and PfDis3 as the ligands. Seven distinct core exosome subunits (PfRrp41, PfMtr3, PfRrp42, PfRrp45, PfRrp4, PfRrp40, PfCsl4) and two exoribonuclease proteins PfRrp6 and PfDis3 are identified by mass spectrometry. Western blot analysis detects Dis3 and Rrp4 predominantly in the cytoplasmic fraction during asexual blood stage development. An inducible gene knock out of the PfDis3 subunit reveals the upregulation of structural and coding RNA, but the vast majority belongs to antisense RNA. Furthermore, we detect numerous types of cryptic unstable transcripts (CUTs) linked to virulence gene families including antisense RNA in the rif gene family. Our work highlights the limitations of steady-state RNA analysis to predict transcriptional activity and link the RNA surveillance machinery directly with post-transcriptional control and gene expression in malaria parasites.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
12.3
作者：
Shock JL;Fischer KF;DeRisi JL
通讯作者：
DeRisi JL
影响因子：
4.8
作者：
Calderwood, MS;Gannoun-Zaki, L;Deitsch, KW
通讯作者：
Deitsch, KW
影响因子：
64.5
作者：
Halbach, Felix;Reichelt, Peter;Conti, Elena
通讯作者：
Conti, Elena
影响因子：
46.9
作者：
Ghorbal, Mehdi;Gorman, Molly;Lopez-Rubio, Jose-Juan
通讯作者：
Lopez-Rubio, Jose-Juan