FPGA acceleration of rigid-molecule docking codes.
FPGA acceleration of rigid-molecule docking codes.
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DOI：
10.1049/iet-cdt.2009.0013
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发表时间：
2010-05
影响因子：
1.2
通讯作者：
Herbordt MC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sukhwani B;Herbordt MC
模拟生物分子的相互作用，或对接，对于理解基本的生命过程和设计新药都至关重要。描述了基于现场可编程门阵列（FPGA）的最近开发的、复杂的、生产对接代码的加速。作者发现，有必要以多种方式扩展他们以前的三维（3D）相关结构，最重要的是支持同时计算几个相关函数。小分子对接的结果是一段代码的速度提高了100倍，这段代码代表了原始运行时间的95%以上。另外2%的加速是通过前面描述的方法进行的，单核的总加速为36倍，四核的总加速为10倍。这种方法被认为是一个理想的补充图形处理单元（GPU）的基础上的对接，它擅长在蛋白质-蛋白质域。
Modelling the interactions of biological molecules, or docking, is critical both to understanding basic life processes and to designing new drugs. The field programmable gate array (FPGA) based acceleration of a recently developed, complex, production docking code is described. The authors found that it is necessary to extend their previous three-dimensional (3D) correlation structure in several ways, most significantly to support simultaneous computation of several correlation functions. The result for small-molecule docking is a 100-fold speed-up of a section of the code that represents over 95% of the original run-time. An additional 2% is accelerated through a previously described method, yielding a total acceleration of 36× over a single core and 10× over a quad-core. This approach is found to be an ideal complement to graphics processing unit (GPU) based docking, which excels in the protein–protein domain.
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影响因子：
14.9
作者：
Tovchigrechko A;Vakser IA
通讯作者：
Vakser IA
影响因子：
14.9
作者：
Schneidman-Duhovny D;Inbar Y;Nussinov R;Wolfson HJ
通讯作者：
Wolfson HJ
影响因子：
5.6
作者：
Gabb, HA;Jackson, RM;Sternberg, MJE
通讯作者：
Sternberg, MJE
影响因子：
3
作者：
Wriggers, W;Milligan, RA;McCammon, JA
通讯作者：
McCammon, JA
DOI：
10.1073/pnas.96.15.8477
发表时间：
1999-07-20
影响因子：
11.1
作者：
Vakser, IA;Matar, OG;Lam, CF
通讯作者：
Lam, CF