SIMPLE 3.0. Stream single-particle cryo-EM analysis in real time.
SIMPLE 3.0. Stream single-particle cryo-EM analysis in real time.
复制标题
DOI：
10.1016/j.yjsbx.2020.100040
复制
发表时间：
2020
影响因子：
--
通讯作者：
Elmlund H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Caesar J;Reboul CF;Machello C;Kiesewetter S;Tang ML;Deme JC;Johnson S;Elmlund D;Lea SM;Elmlund H
我们在这里介绍 SIMPLE（单粒子图像处理 Linux 引擎）开源软件包的第三个主要版本，用于分析单粒子的低温透射电子显微镜 (cryo-EM) 电影（单粒子分析，SPA）。 SIMPLE 3.0 的开发重点是使用最少的 CPU 计算资源进行实时数据处理，以便随着数据速率的提升，轻松且经济高效地扩展处理。我们的流 SPA 工具实现了各向异性运动校正和 CTF 估计、基于模板的快速粒子识别和具有自动类别拒绝功能的 2D 聚类的步骤。 SIMPLE 3.0还具有易于使用的基于Web的图形用户界面（GUI），可以在任何设备（工作站、笔记本电脑、平板电脑或手机）上运行，并支持通过网络的远程多用户环境。新的基于项目的执行模型自动记录执行的工作流程，并将其表示为 GUI 中的流程图。这有利于元数据处理并极大地简化了使用。使用 SIMPLE 3.0，可以在完成数据采集后直接自动获得适合高分辨率 3D 重建的干净 SP 数据集，无需在采集后进行大量图像处理。只需最少的标准 CPU 计算资源即可跟上每小时约 300 个 Gatan K3 直接电子探测器影片的速度。 SIMPLE 3.0 可从 simplecryoem.com 下载。
We here introduce the third major release of the SIMPLE (Single-particle IMage Processing Linux Engine) open-source software package for analysis of cryogenic transmission electron microscopy (cryo-EM) movies of single-particles (Single-Particle Analysis, SPA). Development of SIMPLE 3.0 has been focused on real-time data processing using minimal CPU computing resources to allow easy and cost-efficient scaling of processing as data rates escalate. Our stream SPA tool implements the steps of anisotropic motion correction and CTF estimation, rapid template-based particle identification and 2D clustering with automatic class rejection. SIMPLE 3.0 additionally features an easy-to-use web-based graphical user interface (GUI) that can be run on any device (workstation, laptop, tablet or phone) and supports a remote multi-user environment over the network. The new project-based execution model automatically records the executed workflow and represents it as a flow diagram in the GUI. This facilitates meta-data handling and greatly simplifies usage. Using SIMPLE 3.0, it is possible to automatically obtain a clean SP data set amenable to high-resolution 3D reconstruction directly upon completion of the data acquisition, without the need for extensive image processing post collection. Only minimal standard CPU computing resources are required to keep up with a rate of ∼300 Gatan K3 direct electron detector movies per hour. SIMPLE 3.0 is available for download from simplecryoem.com.
登录
查看更多内容
影响因子：
2.2
作者：
McMullan, G.;Chen, S.;Henderson, R.;Faruqi, A. R.
通讯作者：
Faruqi, A. R.
影响因子：
--
作者：
Ludtke, S. J.
通讯作者：
Ludtke, S. J.
影响因子：
3
作者：
de la Rosa-Trevin, J. M.;Quintana, A.;Carazo, J. M.
通讯作者：
Carazo, J. M.
影响因子：
3
作者：
Hohn, Michael;Tang, Grant;Ludtke, Steven J.
通讯作者：
Ludtke, Steven J.
影响因子：
8
作者：
Reboul, Cyril F.;Eager, Michael;Elmlund, Hans
通讯作者：
Elmlund, Hans