Gene direction in living organisms
Gene direction in living organisms
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DOI：
10.1038/srep00982
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发表时间：
2012-12-21
影响因子：
4.6
通讯作者：
Du, Donglei
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li, Xiu-Qing;Du, Donglei
基因的方向，这是重要的功能，还没有受到统计测试的随机性和进化的变化程度。我们分析了747个测序物种和2，061个基因组/染色体，并检测到王国之间基因方向的明显差异。所有被分析的古生菌、细菌和原生动物都具有主要以同向邻居为特征的基因（即，头到脚或脚到头顺序），在原生动物婴儿利什曼原虫中串联的基因多达391个。真菌和光合原生生物的基因特点是相反方向的邻居，除了染色体七的阿舒囊菌gossypii，一个祖先真菌。基因方向分析表明，同向显性起源于这些生物的最后一个共同祖先，然后在原生动物中得到加强，但在真菌、光合原生生物和一些植物/动物中减弱或丧失，使染色体/基因组具有基因反向显性（即，对两条DNA链的随机使用）。
Gene direction, which is important for function, has not been subjected to statistical testing for randomness and for the degree of evolutionary changes. We analyzed 747 sequenced species and 2,061 genomes/chromosomes and detected clear differences in gene direction between kingdoms. All the archaeans, bacteria, and protozoa analyzed have genes characterized mainly by same-direction neighbors (i.e., in head-to-foot or foot-to-head order), with up to 391 genes in tandem in protozoan Leishmania infantum. Fungi and photosynthetic protists have genes characterized by opposite-direction neighbors, except chromosome VII of Ashbya gossypii, a progenitor fungus. The gene direction analysis suggests that the same-direction dominance originated from the last common ancestor of these living organisms, then was strengthened in protozoa, but weakened or lost in fungi, photosynthetic protists and some plants/animals, giving chromosomes/genomes with gene opposite-direction dominance (i.e., towards the random use of both DNA strands).
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